回青田，自己星夜兼程趕到衢州。
當時苗將蔣英等人作亂殺死胡大海、耿再成逃走後，衢州傳出很多流言，說朱元璋要屠盡苗人為胡大海、耿再成報仇，鬧得整個衢州百姓惶恐不安。
劉基急忙調遣當地守軍四處駐兵，並揭榜安民，只用了幾天上就平定了這些流言。後來他又給各個屬縣發去文書告示，各縣也漸漸相安無事。
這次能夠快速穩定局勢主要憑藉的是劉基在江浙一帶的聲望。他學識廣博又精通周易八卦，無論在尊師重道的漢人心中還是在迷信鬼神的苗人心中都有不可逾越的地位。盧龍山上劉基能夠呼風喚雨的本領早就流傳開了，現在人們寧願得罪朱元璋也不願意得罪這位神人。
劉基處理完衢州的事情，繼續回鄉葬母。
鼠首兩端的方國珍寫信給劉基表示慰問，藉機打探朱元璋的情況。上次朱元璋從他那裡運走糧食，他曾派使者奉書獻金求降，但是朱元璋的人馬一走，他又投靠了元廷。如今看到朱元璋竟有能力一邊抵抗張士誠，一邊把陳友諒趕到武昌，他的心思又動搖起來。
劉基知道方國珍的心思，寫了一封洋洋灑灑的回信，答謝的話只有兩三句，宣示朱元璋威德、勸方國珍歸附的內容倒是寫了幾大篇。
方國珍後來果然派人到應天府進貢物品，表示歸附。
朱元璋非常高興，寫信給劉基，慰勞備至。還常常遙問軍事，催促他早日回來。
至正二十二年，元將察罕帖木兒招降朱元璋，元廷願意任命其為行省平章事。
朱元璋不同意，藉口道：“天下人都知我尊奉的是小明王的宋朝龍鳳年號，豈可事二主？”
元廷很生氣，想不到韓林兒的宋朝已經岌岌可危，還有人尊奉，決定徹底剿滅劉福通、韓林兒，讓朱元璋再無藉口拒絕招安。
察罕養子擴廓帖木兒統兵圍攻益都，劉福通從安豐出兵救益都，至火星埠，被擴廓部將關保擊敗。
元廷又派官員張昶持“江西行省平章政事宣命詔書”至應天府招安朱元璋。
朱元璋知察罕帖木兒已戰死，拒絕不受，只是致書答擴廓帖木兒，希望保持和好關係。
但是元廷怎麼可能放任朱元璋這樣一個敵人慢慢壯大，你若不接受投降，我就打得你投降。先滅你的主子韓林兒，再滅你！
至正二十三年春，張士誠帶領十萬兵馬，攻打安豐，劉福通知道打不過，就派人去應天府搬救兵。早在劉福通、韓林兒從亳州遷都安豐時，龍鳳宋朝就已經名存實亡，除了朱元璋還尊奉小明王，別的起義軍將領早就不把韓林兒當回事了，所以劉福通能夠求助的人只有朱元璋。
朱元璋接到告急信，準備支援安豐。
劉基聽聞這個決定，連丁憂都顧不得，急忙從青田趕回應天府勸阻，“元廷、張士誠對小明王志在必得，陳友諒對您又虎視眈眈，我們還是不要去管小明王，先顧好我們自己。”
朱元璋說道：“我一定要救，小明王有難，我若不救就是不忠不義之人。世人皆知我尊奉他的年號，他是我的皇帝，君有難，臣豈可袖手旁觀？再說安豐是應天府的屏障，如果安豐失守，應天府也會受到威脅，到時候張士誠和陳友諒再合力夾擊，對我們局勢更加不利。”
劉基反駁道：“您說的有道理，可是您有沒有想過，您把韓林兒救出來後怎麼處理？把他帶到應天府，他為君，您為臣？讓大家去效忠韓林兒？別說屬下不願意，換成其他將士也不會願意的。”
朱元璋想到昔日郭子興到了滁州，自己被奪兵權的事情，臉色一沉，說道：“我不會再讓人站在我頭上，如果救出小明王我就把他送到滁州去。”
劉基苦口婆心勸道：“應天府是我們的根據地，您若去支援安豐，陳友諒趁機攻來