扎卡爾的存在，科學界也有不少質疑。許多學者認為，這可能是一種未被確認的現存猿類，比如巨大的大猩猩亞種。眾所周知，剛果雨林是一個非常複雜的生態系統，生活在其中的物種種類繁多，許多生物尚未被完全研究清楚。因此，扎卡爾或許是某種尚未被正式分類的類人猿。
美國靈長類學家傑弗裡·帕特森在一次訪談中表示：“扎卡爾可能只是人們對於未知環境的過度解讀。剛果的確存在很多尚未被發現的動物，但要說有這樣一個巨大的靈長類生物，我們還需要更多確鑿的證據。”
帕特森教授還提到，許多扎卡爾的目擊報告都存在相似的漏洞：缺乏實物證據，甚至連模糊的照片或影片都沒有。這使得許多人懷疑這些目擊只是出於探險家們的錯覺或是自然現象的誤讀。比如，巨大的樹影、夜晚的動物叫聲，或是其他已知動物的行為都可能讓人產生誤會。
雖然直接的照片或影片證據一直缺乏，但在2003年，幾位地質學家在剛果南部的雨林中發現了一些奇怪的巨大足跡。這些足跡直徑接近45厘米，深深地嵌入泥濘的地表，形狀類似於人類的足跡，但尺寸遠遠超過任何已知的靈長類動物。
當時這幾位地質學家並未意識到這些足跡的特殊性，直到他們回到研究站，將這些足跡與常規猿類進行對比後，才意識到它們的不同尋常。後續的分析表明，這些足跡不是由現存的任何已知動物留下的。專家們推測，這可能是某種巨型靈長類動物的足跡。
這一發現一度成為扎卡爾存在的一個“證據”，但質疑的聲音同樣很快出現。有人認為，這些足跡可能是某種已知動物在特殊環境下留下的變形足跡，也有可能是人為偽造。儘管如此，這些足跡依然引發了關於扎卡爾存在的激烈討論。
在談到扎卡爾時，我們不能忽視剛果當地土著居民的口述傳說。在剛果雨林深處，許多部落都有關於一種巨大靈長類生物的傳說。根據當地的民間傳說，扎卡爾是一種極其強壯且狡猾的生物，極少與人類接觸，生活在叢林最深處的陰暗河谷。
土著獵人們常常提到，在他們打獵的過程中偶爾會看到巨大的影子在遠處閃過，他們認為這就是扎卡爾。有幾位年長的獵人聲稱，他們曾在密林中撿到過扎卡爾遺留下的毛髮樣本，並且這些毛髮和已知的猿類不同，更為粗糙且帶有棕色光澤。
著名的人類學家塞繆爾·奧利弗曾長期駐紮在剛果，他深入研究了當地的民間傳說，並在他的書《剛果的巨獸》（the beasts of congo，譯為“剛果的巨獸”）中詳細記錄了這些口述傳說。他指出：“雖然扎卡爾的目擊事件大多缺乏直接證據，但我們不能輕易否定這些土著傳說，因為在過去，很多未被證實的物種都是從這些口述傳說中逐步發現的。”
進入21世紀，隨著科技的進步和探險裝置的升級，關於扎卡爾的目擊事件再次增多。2007年，英國野生動物攝影師艾麗斯·哈維在剛果民主共和國東北部的伊圖裡森林進行長期拍攝時，意外捕捉到了一段模糊的影片影像。影片中，一個巨大的黑色身影在夜色中一閃而過，雖然只持續了短短几秒，但足以讓人震撼。哈維將這段影片上傳到了Youtube上，立即引起了轟動。
隨後幾年裡，陸續有探險家和當地居民報告了類似的目擊事件。2012年，《國家地理》雜誌派出了由生態學家艾米麗·克拉克率領的特別報道小組，深入伊圖裡森林進行實地調查。他們不僅收集了更多的足跡和糞便樣本，還與當地部落進行了深入的交流，獲取了大量口述歷史資料。克拉克在她的著作《剛果的秘密：追蹤扎卡爾》中詳細記錄了這次考察的點點滴滴，並呼籲國際社會對這一神秘生物給予更多關注。
近年來，幾支科學探險隊也嘗試深入剛果雨林，尋找扎