內容進行政治制度化以後。它就成了不管你自覺與否，自願與否，都必須遵守的外在規範。因而它的修養意義和作用就大大地被減弱了。
這樣，儒學制度化方面地成功，卻成了它在道德修養功能方面走向衰危地契機。
到了漢末，政治制度化了的儒學禮教，一方面成為束縛和壓制人的自然感情的東西，一方面又成了那些偽君子沽名釣譽的工具，因而引起了人們的強烈不滿。玄學乘此流弊而起，調和名教與自然的矛盾，而其中又都強調以“自然”為本。並且在理論學說上，玄學也明確地提出了“道明其本，儒言其用”。
所以，自從玄學誕生以後，儒學儘管在政治制度層面仍然保持著它的統治地位，而在思想修養層面的功能，卻已為玄學或道家所取代。
而魏晉南北朝以後，以至於前隋這一段時期，佛教思想開始興盛了起來，甚至有超過玄學地勢頭，在士大夫們地思想修養方面起到了一定的作用，不過，到了大唐的時代，隨著李家對道教地扶持以及到佛教的打壓，還有這些年來對於宗教方面的嚴格控制，使得佛教對於士大夫階層的影響力越見衰弱。
而也就是從魏晉南北朝以後到目前為止，儒學只有那些體現為政治制度化方面的東西，在統治階層的維護下繼續起著作用。儘管這一時期儒學文獻方面的研究也並沒有中斷，但像唐朝孔穎達編纂的《五經正義》之類的著作，除整合和逐步統一漢儒和玄學家的觀點外，並沒有多少新意。所以，儒學在人們的思想修養方面，也發揮不出多大的作用。
洋洋散散向李治述說了我這些年來對於儒學客觀的見解和結論之後，我作了總結性發言：“為師也知道，孔老大人，令狐大人等諸位儒師對小弟改訐之處，就是在於為師的《天演論》的學術基礎是以老子之學說以引，認為天地不仁，萬物以為芻狗，而與漢代儒師董仲舒的天人合一之儒學發展的基礎相違背。”
儒學基礎是天人感應學說。董仲舒認為天是至高無上的人格神，不僅創造了萬物，也創造了人。因此，他認為天是有意志的，和人一樣“有喜怒之氣，哀樂之心”。人與天是相合的。這種“天人合一”的思想，繼承了思孟學派和陰陽家鄒衍的學說，而且將它發展得十分精緻。
但同時也侷限了社會的發展，因為董仲舒在他的思想體系中提出了神學化的人性論。他認為人受命於天，人性是從天得來的，他的人性論的政治目的是企圖把封建階級和等級制度看做都是出於天意或天道的，從受之天命的人性中，便決定了誰該做統治者，誰該做被統治者；誰應該高一等，誰應該低一等；誰應該受教育，誰不應該受教育。他認為這種天命、人性決定的封建秩序是不能改變的。
而我的《天演論》的學術基礎卻是以生物的本性為基礎，提出了“弱肉強食，優勝劣汰。”這個**裸的，讓人不寒而慄的殘酷現實。正所謂物競天擇適者生存，不能適應環境或社會，就只能被環境或社會所淘汰。
而大唐如今的科舉制度的改良，大唐皇家
軍事學院的建立和文化知識學習的成就，大唐曲江書院的建立，大唐渭南希望義學的建立，也何嘗不是一種對於董仲舒那種政治思想的侵蝕？還不就是本公子一次次地在觸碰和撕咬著這根底線？現如今所要做的，就是看何時能讓它完全地繃斷。
“小治啊，為師就在你跟前，說句本不該說的話，前朝之所以滅亡於隋煬帝之手，就是因為遵循了物競天擇適者生存的這個生存法則，而這位隋煬帝，恰好就是以為這個生存法則對他無用，又或者是他忽視了這個法則，以至被