取紀州藩之後，繼續揮師東進，近畿各藩藩主逃的逃，降的降。在四月中旬，九州軍便奪取了整個近畿。
在擊敗紀州藩之後，鄭芝龍和王賽兒一致同意遷都京都。五月二十八日，良仁在京都在登基。大明也派出了使者參加了此次登基儀式。在參加完登基儀式之後，興子被送往了大明。
六月六日，九州王鄭芝龍宣佈將政事處置權交還給天皇，九州王以後只負責軍事事務，在東瀛將實行完全的軍政分離。九州王此舉贏得東瀛上下讚許，同樣也獲得了朱由校的讚許。
王賽兒為了抵抗九州王的勢力，加強與大明聯絡，她希望能與大明皇室結親。而朱由校也同意王賽兒的要求，他幾番篩選之後，將蜀王的女兒許配給了良仁，成為了良仁的皇后。至此，東瀛皇室與大明的皇室拉開了聯姻的序幕。
被九州逼入絕境的幕府，在保科正之的主持下，第一次嘗試與九州和談。而鄭芝龍也同意了幕府的和談要求。
在良仁天皇的主持下，幕府與九州展開了和談，但是和談的雙方提出條件差距極大，導致雙方和談毫無結果。
九州一方強硬地提出三點要求：第一，德川家綱需臣屬九州王，並且要到京都覲見；第二，德川家綱的母親阿樂夫人需到京都為人質；第三，德川家綱需離開江戶改封領地。
這三點要求太過苛刻，德川家根本是不可能接受的，而且這三點要求和當時德川家康為了尋求與豐臣家開戰提出的要求幾乎一樣，這也被德川家認為是對幕府的羞辱。雙方的和談破裂，幕府和九州開始積極備戰。
幕府接連丟城失地，實力已經大不如前，現在只能防禦。而九州剛剛獲得近畿，需要一段時間來消化，尤其是京都騷亂，無疑大大延長了消化的時間。這使得雙方雖都在積極備戰，但卻暫時處於和平狀態。
而帝國雖然表面平靜，但內部卻是暗流湧動。朱由校已經準備從眾皇子中挑選出三人作為儲君的人選。
“立嫡以長不以賢，立子以貴不以長，臣認為應該皇長子當仁不讓的該儲君人選。”內閣閣臣陳必謙首先站出來。陳必謙是東林黨人，他被列為《東林點將錄》地英星天目將，東林黨人在國本之爭之時從來都是衝在最前面的。
“臣附議。”陳必謙的話音剛落，就有人站出來支援。
“臣附議。”
……
很快，朝會上超過半數的大臣都支援陳必謙的意見。
朱慈炅其母任貴妃雖被打上了閹黨的標籤，但朱慈炅為了贏得國本之爭，無論是閹黨還是東林黨他都走得很近，他也得到朝廷不少大臣的支援。
“對於皇長子朱慈炅成為儲君候選人選可有反對意見？”朱由校問道。
現在整個帝國都巴不得朱由校早日確定儲君，現在朱由校要挑選出三人作為儲君備選，就算有反對的，此刻也不會出聲。
“既然無人反對，那麼皇長子朱慈炅就是三名候選人之一。”朱由校一錘定音道。
“現在還需要兩名儲君人選，眾位愛卿心中可有合適的人選？”朱由校又接著問道。
“二皇子文成武德，臣認為二皇子也應該被列為儲君的候選人之一。”洪承疇站出來道。
朱慈焾和軍方的關係的極好，在朱由校當政期間，軍方的地位得到了極大的提高，賞到了甜頭的軍方不希望在朱由校百年之後，軍方被再次打回原形，又被文臣壓得死死的，所以軍方極力支援朱慈焾。
“既然陛下要選三名候選人，臣也認為二皇子應該被列為儲君候選人之一。”孫傳庭也站出來支援道。
相對於朱慈炅，支援朱慈焾的人大多都是武將，文臣支援朱慈焾的數量遠遠不如朱慈炅多，但在少量文臣中卻有內閣首輔孫傳庭這樣重量級的人物。