戰鬥持續了大半天的時間之後，科恩麾下的戰船所剩無幾，而鄭家軍戰船編隊幾乎沒有遭受到多大的損失。
巴達維亞的碼頭很快被鄭家軍水師佔領。海上作戰失敗的科恩，來不及逃走。被鄭家軍水師生擒，具有諷刺意味的是。神情科恩的居然是不久之前加入鄭家軍的東印度公司的僱傭軍，這讓科恩更加的絕望。
陸地上的戰鬥幾乎沒有怎麼進行，東印度公司的總督科恩已經被生擒，公司的董事會亂作一團，根本無心去抵抗了，就在鄭家軍將士剛剛開始進攻的時候，東印度公司的董事會選擇了投降，他們是明智的，總督大人率領的戰船編隊全軍覆沒，總督大人被生擒，他們若是負隅頑抗，也就是死路一條。
這麼快就徹底摧毀了東印度公司，佔領了巴達維亞，這是洪欣貴沒有想到的。
進入巴達維亞城內，進入了東印度公司辦公的大樓裡面，洪欣貴拿出來了皇上寫的信函，這是皇上吩咐他佔領巴達維亞、摧毀了東印度公司公司之後，才能夠拆開的信函。
皇上在信函之中表明的意思非常明確。
留下兩個戰船編隊和一萬鄭家軍水師將領在巴達維亞，由洪欣貴出任總兵，親自率領這一萬鄭家軍的水師，控制南亞各地，控制南亞的海上貿易，巴達維亞與臺灣島駐紮的水師和戰船編隊，全部有洪欣貴率領。
摧毀東印度公司的武裝力量之後，必須吸納東印度公司貿易方面的人才，讓這些人留在巴達維亞做事情，幫助大明王朝來進行海上的貿易，不過東印度公司董事會的人，不能夠保留，這些人全部押解到大明京城來。
同時將東印度公司盤剝的錢財全部運送到大明京城。
看完信函之後，洪欣貴大為吃驚，他也是進入到巴達維亞之後，才知道東印度公司有一個董事會，公司所有的事情都是這個董事會決定的，總督科恩就是董事會的頭頭，想不到皇上知道這一切，而且還準確在信函之中表述出來了。
皇上的命令，洪欣貴當然是執行的。
洪欣貴馬上召集了丁寶坤、鄭芝龍、鄭芝豹等人，共同商議。
這一次的商議，持續了足足兩整天的時間。
期間鄭芝龍提出來建議，讓弟弟鄭芝豹留在洪欣貴的身邊，幫忙做事情，鄭芝豹對於海上作戰的事宜是熟悉的，也知道很多海上貿易的事情。
洪欣貴同意了這個建議，專門寫下了奏摺，舉薦鄭芝豹出任鄭家軍的遊擊將軍，在他的身邊協助統領水師。
商議完全按照皇上提出來的要求進行，鄭芝龍提出來了不少的建議，對於如何管理東印度公司留下的攤子，如何徹底掌控這個公司等等，都提出來了好的見解，鄭芝龍提出來的最為關鍵的一個建議，就是在水師帶來的商賈之中，挑選一部分精明強幹的人，進入到公司裡面做事情。
至此，東印度公司覆滅，代之的是大明皇家南洋公司。
南亞以及朝鮮、日本等地的所有海上貿易事宜，全部由大明皇家南洋公司直接負責，所有南亞各地的海上貿易交易，全部都需要給大明皇家南洋公司繳納所有貨物價值一成的賦稅，若是有誰不服從這個規定，那麼大明水師將查封其所有的貨物。
同時，交易地方也需要給大明皇家南洋公司繳納百分之五的交易稅。
這一筆的交易稅由各地方負責，你在購買海上貿易貨物的時候，就需要直接繳納。
包括遙遠的歐洲等地，也要遵循這個交易原則，否則就不要想著來到南亞各地做生意，當然，若是有歐洲某些地方表示不服氣，甚至對受到大明皇家南洋公司保護的商船實施打劫等的行為，那麼大明水師會不辭辛苦的前往歐洲，教訓一下這些不服氣的國家。
這就是大明皇家南洋公司的職責。