王國寶便和堂弟王緒帶禁軍去追殺王恭。王恭正往回走呢，忽聽得後麵人喊馬嘶，塵煙四起的，知道這是有人要殺自己，急忙從小路逃走。他一回到京口，便整頓兵馬，並派人去江陵邀殷仲堪一起起兵徵討王國寶。
殷仲堪對這件事很猶豫。桓溫的小兒子桓玄來訪殷仲堪，他極力鼓動殷仲堪起兵。桓玄是個很有能力的人，他原本想在朝中混個出身，但一方面他父親的聲名不好，影響他的仕途，另一方面司馬道子很看不起他，處處壓制他。雖然官場上有很多人幫桓玄的忙，但桓玄最終鬱鬱不得志，只做一些中下級官職。後來他乾脆辭去官職，回到江陵。桓家在江陵的根基還是很深的，頗得人望，因此桓玄在這個地方做地頭蛇還是很吃得開。就是殷仲堪也得讓他五六分。桓玄聽說要反司馬道子，當然很高興，極力慫恿道：&ldo;王國寶等人和你是死對頭，早就想除去你。現在你不反他，將來他把你調回朝中，你不是束手就擒，白白讓人家除去你麼？如果你同意和王恭東西兩路齊攻京城，我願率我的手下為你做先鋒！&rdo;殷仲堪遂下決心起兵。
王恭和殷仲堪以討伐王國寶的名義進軍京城。王國寶派王緒去竹裡拒敵，但很快被王恭的前鋒軍劉牢之的部隊打敗，王緒逃回京城。王恭進逼京城，司馬道子非常害怕，於是把自己的兩個賣命心腹王國寶和王緒都殺了，然後寫了一份極為深刻的檢查，派人送給王恭，請他退兵。
王恭一看這兩個仇人都死掉了，司馬道子也服軟了，於是收兵回到京口。殷仲堪這時帶兵剛剛到了巴陵，得知王恭已經把事情搞定了，也帶兵回江陵。
經歷過這件事以後，司馬道子深深地感覺到手中掌握幾千名禁軍是幹不成什麼事的。要想大權在握，必須手握重兵。於是他聽從司馬尚之、司馬休之兄弟的建議，又任命王國寶的異母兄王愉為江州刺史，都督江州及豫州等四郡軍事。司馬道子此舉讓豫州刺史庾楷很不高興，他見司馬道子要奪自己兵權，便派人向王恭訴苦說：&ldo;司馬道子這是要削弱藩鎮的權力，現在當趁著還沒有對你下手，趕緊想辦法對付他。&rdo;
王恭於是又約殷仲堪、桓玄出兵。劉牢之則勸王恭道：&ldo;司馬道子的這個任命，雖說是有失公允，也不算大過錯。而且削的是庾楷的兵權，與你並沒有損害，你何必再次起兵。&rdo;
王恭沒聽劉牢之的，再次起兵。這次聲討物件是王愉、司馬尚之、司馬休之。
司馬道子聽說王恭和殷仲堪又帶兵來了，又急又怕，嘴裡不住說：&ldo;看來這回只有等死啦。&rdo;
司馬道子的兒子司馬元顯表示願意出戰。司馬元顯當時只有十七歲。司馬道子問他道：&ldo;北府兵天下聞名，劉牢之又是名將，你一個小孩子家家的，也敢說大話？&rdo;
司馬元顯道：&ldo;王恭這個人恃才傲物，而且並不重用劉牢之。以劉牢之之才，怎甘屈居其下？兩人必有矛盾。父親只要給劉牢之寫一封親筆信，向他許諾：如果陣前反戈，除去王恭，便把王恭的官職爵號全給他。我再派一個能言會道的人送這封信，不信劉牢之不反。只要劉牢之反了，王恭必敗。&rdo;
司馬道子覺得這個計策相當不錯，於是派司馬元顯為徵討大都督，率軍去竹裡拒敵；任命司馬尚之為豫州刺史，去守石頭城，對付庾楷。
司馬元顯到竹裡後，立刻派廬江太守高素拿著司馬道子的親筆信去勸降劉牢之。高素原來也是北府軍舊將，和劉牢之是戰友，他來到營中先不說勸降的事，卻對劉牢之說：&ldo;現在朝廷雖然算不上好朝廷，但也沒到周幽王、周厲王的地步吧。王恭是受過先帝大恩的，又是當今皇帝的舅舅。他兩次帶兵來京，這是對皇室的侮辱和輕慢。我看此人將來必有稱