明帝忙問何計。
王導道：&ldo;王敦既然重病纏身，皇上可先下個詔書，罵王敦個狗血噴頭。王敦這個人性子急，愛生氣，加上重病在身，見了這封罵詔，就是不被氣死，也會被氣得離死不遠了。我隨後便率京中所有琅琊王姓宗族子弟給他開追悼會，說王敦見了詔書，已經氣死了。您再下一詔書，只說是討伐錢鳳，絕口不提王敦。如此一來，京中將士一定堅信王敦已死，必奮勇向前。&rdo;
明帝於是先下一詔，大罵王敦。王敦見詔，果然又氣暈過去，醒來時連床也下不得了。但仍掙扎著要起兵，起兵前命記室參軍郭璞為他算一下此次出軍的吉凶。
郭璞道：&ldo;不用算了，肯定打敗仗。&rdo;
王敦又讓郭璞算他的壽命，郭璞又道：&ldo;這個也不必算，你要是起兵反叛，活不了多長時間；要是回武昌去，倒是能活個大年紀。&rdo;
王敦大怒，問郭璞道：&ldo;你算算你能活多長時間？&rdo;
郭璞很鎮定地回答道：&ldo;就是今日。&rdo;
王敦遂命人將郭璞斬首。然後以王含為元帥，錢鳳為軍師，鄧嶽、周撫為大將，以誅溫嶠為名，率兵十萬，數路並進，進犯京師。
大軍臨行之前，錢鳳按捺不住興奮的心情，問王敦：&ldo;等到事成之日，咱們應當如何處置司馬紹？&rdo;
王敦冷冷看了他一眼道：&ldo;現在說這個事太早了，但盡你的力量而為之吧。&rdo;
王含和錢鳳率軍來到江寧（今江蘇南京），先和守在朱雀橋的應詹打了一仗，應詹被包圍，眼看就要被殲滅。溫嶠率三千騎兵殺入亂軍中，救出應詹，撤至秦淮河北岸，燒斷朱雀橋。王含大軍因此不得渡河，只好在南岸紮營。
不久晉明帝親自帶禁軍來戰，見橋已被溫嶠燒斷，便責怪溫嶠。溫嶠道：&ldo;敵眾我寡，各處援兵都尚未趕到。對方人多勢眾，且為精兵，如果過河，恐怕咱們支援不住。江山社稷為重，您又何必只愛一橋呢？&rdo;
禁軍首領郗鑒也道：&ldo;對方的確兵力很強，戰場上決勝負於一朝，定成敗於呼吸，當以謀取勝，決不能意氣用事。&rdo;
明帝這才決定此時不過河而戰，但又與溫嶠、郗鑒商議，趁王含兵馬剛到，立足未穩，趁夜渡河偷營劫寨。
當夜溫嶠、段秀、曹渾、郗鑒、陳嵩和鍾寅六路人馬，各領一千兵丁夜襲王含中軍，王含的前鋒大將何康被殺，中軍大敗，損失慘重，左右軍的周撫和鄧嶽來救時，溫嶠、郗鑒等早已退回北岸。
王敦身體本就不好，聽說前軍被襲，心裡一急，暈死過去，好不容易弄醒他。他吩咐道：&ldo;我死以後，要讓王應立刻即位，然後立朝廷百官，最後再營葬。&rdo;言罷氣絕，時年五十九歲。
王應擔心王敦的死訊使軍心不穩，秘不發喪，用草蓆裹了王敦屍首，外塗白蠟，埋在議事廳地下；又命沈充從吳郡起兵，策應王含。
沈充帶兩萬精兵殺到建康，與王含合兵一處。手下司馬顧颺向沈充獻計道：&ldo;現在天子在南京，已經扼住咽喉要地。王含受挫不能前進，相持日久。將軍只需要開決河塘，用湖水倒灌京城，然後乘著水勢，攻入城中，便可成大事，此是上策；如果與王含兩軍一齊合擊，十路並進，我們的部隊要比對方多很多，也一定能勝，這是中策也；要麼以議事的名義請錢鳳前來，然後殺錢鳳降朝廷，為朝廷立下一功，也可以，這是下策也。&rdo;
沈充說，我軍勇猛，何必要這麼多計策，我都不用，直接打就行了。遂率兵乘竹筏渡過秦淮河，直攻過去。應詹大敗，回到城中。沈充趁勝追到宣陽門外，正要攻城