慌亂之際，聽說有天王詔旨，東王手下的人皆放鬆警惕，這些人大多是廣西出來的太平軍骨幹分子，哀痛之餘，響應號召入天王府去觀看殺掉自己老首長的韋昌輝受刑。
進入天王府之前，肯定要去掉兵器。結果，這些人就被乖乖繳了械，進去後皆被趕入幾間大庫房內，大門緊關。大概來講，這些人都是東王屬下的中下級軍官，約五六千人之多。大夥正納悶，窗戶忽然被開啟，炸藥包一個又一個扔進來，轟隆巨響之下，東王屬下血肉狼藉，當場就被炸死不少。大門復大開，趁硝煙未盡，北王韋昌輝手下沖入，對這些手無寸鐵的老同志加以集體屠殺。
殺掉這些人，洪秀全、韋昌輝仍舊不放心，兩個多月內在&ldo;天京&rdo;城內四處搜殺楊秀清族人、部下及他們的所有親屬，共殺二萬多人，可謂是斬盡殺絕。韋昌輝作為執行命令者，他手下三千人也幹不了這件事。當時&ldo;天京&rdo;城內共有軍士近三萬人，這些人在洪秀全的命令下，也配合韋昌輝殺人，所以才有這麼大的&ldo;成果&rdo;。
楊秀清被殺後，屍體仍被洪秀全下詔分屍，然後投入大鐵鍋煮成肉糜，集合眾將士來啖此&ldo;大奸賊&rdo;。吃著&ldo;革命&rdo;老同志，不知當事人作何感想？
9月中旬，同樣受密詔誅殺楊秀清的石達開趕回&ldo;天京&rdo;，見天王、北王濫殺這麼多人，又有自己的屬下亂中被殺，石達開很生氣，責斥韋昌輝。
韋昌輝告之洪秀全，深宮中的天王又大動殺心。幸虧石達開並非愚忠之人，見形勢不妙，入城僅僅數小時，便率手下由小南門斬門而逃。
在洪天王授意下，韋昌輝殘殺了石達開全家。同時，為了不留後患，燕王秦日綱受詔，率一萬多人出城追殺石達開。
石達開不是吃素的，他在軍中威望很高。武昌的洪山軍聞調而動，約四萬人齊集石達開手下，自安慶渡江至涇縣，聲言要回城殺討韋昌輝。
老奸巨猾的洪秀全接報，心中著實害怕石達開手下的精兵良將。他忙派人當眾譴責韋昌輝：&ldo;爾我非東王不至此，我本無殺他之意，而今已拿戮之（東王），其下屬何辜，又盡殺之，應念天父好生之心，以寬縱為宜。&rdo;這樣一來，洪天王把自己偽裝成不知情的大好人。
韋昌輝此時氣得頭髮昏，深知自己被洪秀全利用，怒言道：&ldo;我為渠除大害，今反責我，欲沽名耶！&rdo;
洪秀全忽然變臉，下詔誅殺韋昌輝。從前被人當槍使，現在又要被殺，氣急敗壞的韋昌輝兩眼冒火，率手下三千人就撲向天王府。天王府的府牆比當時南京城牆還要厚堅，即使手中有火炮，韋昌輝一時也攻不下來。關鍵時刻，天王府中的大腳客家女兵突顯神威，這些被洗過腦的女性們為了誓死捍衛偉大的天王，在被圍攻的第二天，突然大開天王府，持槍舉刀，主動衝殺。如此出奇不意地遭到一群不要命的女兵攻擊，韋昌輝及其手下不知所措，驚潰而去。其中，有一部分北王士兵趨朝陽門，斬關而去。韋昌輝本人帶著一些殘兵，返回北王府抵拒，這樣一來，北王成了甕中游魚。
洪秀全親自佈置，嚴令在城內各街設柵，派軍圍攻北王府。見勢不支，韋昌輝僅率兩三從人偷溜出來，想從內橋柵口逃往城外。其間，恰好遇上巡邏隊，北王答不出口令，被人當場抓獲，押送天王府。
洪秀全並不見他，立刻下令把北王&ldo;五馬分屍&rdo;，算是對大眾有個交待。然後，他又派人逮捕了率兵追擊石達開的燕王秦日綱，斬首示眾。再後，洪秀全把二人首級裝匣，派人送至率大軍自涇縣到寧國的石達開軍中。於是，石達開便於11月28日回到了天京。
洪秀全見石達開，放聲大