應該考慮長遠，不能自相殘殺。如果有人言辭不當或邊境官吏違法，我們可以透過道理來解決，不能輕易破壞和好。投鼠忌器，希望你慎重考慮。”然而，太祖當時正怒於時溥與孫儒勾結，根本聽不進朱瑄的勸告。
當龐師古攻打徐州時，朱瑄再次出兵來援，這一行為無疑讓太祖更加不滿。徐州平定後，太祖決定合兵攻打鄆州，以報復朱瑄的背叛。從公元892年景福元年冬天開始，他派遣朱友裕領軍渡過濟水，向鄆州發起了猛烈的進攻。這場戰爭持續了整整四年，直到公元896年乾寧三年，軍隊還一直駐紮在齊州、鄆州之間。在這四年裡，雙方展開了大小戰鬥共數十次，每一次戰鬥都異常慘烈。這些事蹟都被詳細地記錄在《太祖紀》中，成為了那段歷史永遠的見證。
在這場曠日持久的戰爭中，鄆州地區遭受了前所未有的破壞。田野荒蕪，無人耕種；附屬的城池也一個個被太祖佔領。朱瑄的處境變得越來越艱難，他不得不派人向太原求救。李克用看準時機，派遣他的將領李承嗣、史儼等人前來援助。然而，命運似乎並不眷顧朱瑄。當援軍行至半途時，卻被羅宏信所攔截，援軍路線被切斷。朱瑄、朱瑾兄弟倆陷入了絕境，他們拼死抵抗，但最終還是敗退了。
公元897年乾寧四年正月，龐師古終於攻陷了鄆州。朱瑄在逃亡的過程中，逃到了中都北部，他藏匿在一戶民家中，希望能夠躲過這場災難。然而，命運卻再次對他開了一個殘酷的玩笑。民家主人發現了他的蹤跡，不僅沒有收留他，反而對他進行了毆打。最終，朱瑄連同他的妻子榮氏一起被擒獲送來，在汴橋下被斬首示眾。這位曾經叱吒風雲的將領，就這樣走完了他波瀾壯闊的一生。