列神出鬼沒的“定點清除”，無疑顯示了國防軍的實力。但同時濫殺無辜、甚至打死幼小孩童的事實，也極大地玷汙了國防軍的名聲。
美國《新聞週刊》在一篇文章中就批評，以國防軍缺乏人道主義。文章指出，在第一次巴勒斯坦“起義”（始於１９８７年）期間，以色列士兵如虐待阿拉伯平民會受到紀律處分；但現在，這種虐待已是家常便飯。
更有甚者，一些以色列士兵借軍事行動之機，對巴勒斯坦人“打家劫舍”。在去年以色列“防衛牆”軍事行動中，就爆出一些士兵捲走巴勒斯坦人錢財甚至假鈔的事件。而且，有士兵反映，許多軍官也參與其中，或者聽之任之。
讓以色列人為之譁然的，可能是一些以色列士兵為了獲得錢財，向巴勒斯坦人走私軍事器械，導致大量以色列武器流入哈馬斯之手。雖然，這些行動最後遭到以色列軍事法庭的嚴懲，但也說明了新形勢下以色列軍隊思想的混雜。
思想混雜的另一個方面，則是一些士兵處於“道義”拒絕在約旦河西岸行動。預備役軍官佐希因就表示，他可以服役，但堅決不去巴勒斯坦被佔領土，因為侵佔別國領土是“非道義而且不義的”。
被稱為以色列“軍中驕子”的２７名飛行員也公開抗命，拒絕執行“定點清除”，拒絕參加在巴勒斯坦領土軍事行動。這些被以色列高層斥之為“造反者”的，甚至包括准將斯貝科。斯貝科是空軍###級功勳人物。在１９７３年“贖罪日戰爭”的危急時刻，他作為空軍中隊長，率以軍戰機衝入敵陣。正是他和戰友們的浴血奮戰，才扭轉了以色列剛開戰時極端不利的戰局。１９８２年，他參與指揮了空襲伊拉克核設施的行動，那次突襲一舉摧毀薩達姆發展核武器的希望。
除了斯貝科准將外，還包括多名擔任Ｆ－１５戰機飛行教員的空軍資深軍官，另外有９名現役飛行員，分別駕“阿帕奇”武裝直升機、Ｆ－１５戰機、“黑鷹”軍用運輸機等，其他則是預備役高階軍官。
在聯名的公開信中，２７名飛行員說：“我們，作為作為以色列空軍和國防軍的一員，拒絕繼續對無辜的巴勒斯坦人進行‘定點清除’，繼續佔領巴勒斯坦領土正嚴重傷害以色列的安全和道德。”
曾是軍中悍將的以色列總理沙龍對此表示震怒，他公開稱，這樣的事件使他想起了１９８２年黎巴嫩戰爭期間，一些以色列軍人政變推翻民主政府的企圖。
以軍方隨即快刀斬亂麻，將飛行員軍法從事，“拒不改悔者”被開除軍職，甚至送上軍事法庭。巴勒斯坦方面，則對這些以色列人的“道德和勇氣”表示敬意。
女兵是以色列軍隊一道靚麗風景，以色列也是世界上唯一一個對女性實行義務兵役制的國家。但女兵的大量雲集，尤其是軍中管理不嚴，使性騷擾問題成為“公害”。今年６月２日，遞交以色列議會的一項調查報告稱，以色列軍隊中性騷擾問題觸目驚心，女兵受害比例高達２０％。
以色列國防部本身也不能倖免。據以媒體報道，早在２０００年，就有多名國防部高官因對女性“行為不檢”而受到懲處，其中包括國防部發言人涉嫌用曖昧詞語挑逗年輕女兵；還有一些官員利用面試機會，向前來應試的女性詢問有關身體隱私的問題。
負責女性性騷擾的以國防部官員沙科德曾表示，發生在以各部門的性騷擾案件中，平均每五件就有一件出自國防部。作為對策，以色列國防部曾一度決定減少部內女兵數量。
最讓以色列國防部蒙羞的，是前國防部長莫迪凱性騷擾事件。軍中悍將的莫迪凱，行為很不檢點，任國防部長時，他以工作名義，把一名女兵誆到家中欲行不軌。２００１年耶路撒冷法院裁定莫迪凱“性騷擾罪”成立，判處有期徒刑一年半，緩期執行。
這位以色列