據歷史記載，在猴子和烏龜兩家之間展開的小牧長久手之戰中，此寺偏向於德川家一方，在進攻攝津國和和泉國猴子麾下的時候，曾組織戰國時代最為強大的洋槍隊。
只不過現在根來寺可不是什麼新義真言宗之總本山，在黑田家大軍的圍困下，在黑田家水軍三千鐵炮手、火銃手的壓制下，他們現在已經自身難保了，根來寺只要被松井重孝攻下來，不要說新義真言宗之總本山了，屬於這些禿驢的一切都將幻化成浮雲。
不管本願寺如何計較，一切都已經無法扭轉了，小寺氏職雖說只有六千人，但是對於石山御坊的圍困已經形成，之後將陷入長期的僵持之中。
我們且不提攝津國之徵伐，在最北面的若狹國，此時的母裡隆友軍團已經攻下了慄屋城，而武田元光的仇人內藤筑前也死在了這一場合戰之中，至於是他跟在武田元光的身邊是怎麼死的，那就不得而知了，反正黑田家之後各種該有的表示都做得比較到位，只不過內藤筑前已經沒有任何嫡系親屬了，所以由母裡小兵衛養子母裡高通入主內藤家，這個之前並沒有多少嶄露頭角的青年，也成為了若狹國的大佬，改名內藤高通。
母裡隆友在若狹國留下了兩千人馬，由從丹波國黑田職高身邊趕過來的衣笠景延，帶領這些人馬守衛若狹國，自己帶著其他的一萬大軍，向著越前國出發。這個時間正好就是小寺氏職確定了對本願寺圍困的時候。
只不過母裡隆友即使是在毛利隆景、毛利元清、尼子高久、山中幸盛等人的幫助下，拼了命的加快攻擊的速度，只不過因為若狹國獨特的山地地形，和當地已經從屬於織田家一方勢力的阻攔，最後還是慢了一步。
因為之前和明智光秀交戰的織田信忠大軍，已經在勝龍寺城城外擊敗了明智光秀大軍。明智光秀所帶領的七千人大軍之中，有一大半都是之前織田家計程車卒，這一次一開始隨著明智光秀叛亂就是被迫的。當織田信忠的旗幟出現的時候，加上對面有數萬的大軍，這些人立刻就開始往織田信忠一方叛逃。
之後明智光秀麾下的那些個若狹國的小豪族，聽聞黑田家開始要收服整個若狹國的訊息，立刻就不能夠淡定了，自己跟著明智光秀是準備跟著喝湯的，如果自己的老巢都被人抄了，那自己做的還有什麼意義。於是這些人也順勢在崩盤之前，全部都跑回了若狹國，只不過他們的最後結果就是被母裡隆友大軍全部消滅掉了。
在被織田信忠意外瓦解之後，明智光秀自己帶著麾下數人倉皇而逃，於當日深夜在小慄棲遭到當地百姓的刺殺，重傷後自盡。
在織田信忠擊敗了明智光秀之後，順利的奪回了安土城，並且重新確定了對近江國的統治，只不過松永久秀和羽柴秀吉還在山城國打生打死，所以織田信忠也樂得坐山觀虎鬥。
得知黑田家即將全取若狹國，而且要對越前國進行攻伐的時候，柴田勝家急了，向織田信忠說明情況之後，火速帶領麾下的前田利家、佐佐成政、梁田廣正、不破光治、佐久間盛政、佐久間安政、柴田勝政、佐久間勝之、保田知宗、金森長近、氏家行廣等人，沿著越前國靠近近江國的海津街道，進入了越前國的敦賀郡，以敦賀城作為核心，同時在周圍的山中、馱口、疋田、湯川、二屋、金崎等城池佈防，以抵擋黑田家的進攻。
只不過柴田勝家麾下與力武藤舜秀並沒有隨著柴田勝家離開，武藤舜秀出生在尾張國武藤鄉，因為受到織田信長的提拔而得以成為武士，並且擁有現在的地位，所以他一直對於織田信長和織田家非常的感激，這一次他帶領麾下千人，重新迴歸了織田信忠的麾下，算是重新回到了織田家的麾下。
武藤舜秀還是很有能力的，也是一個被遊戲埋沒的武士，從歷史記載上來看，織田信長每每軍議的時候，都是讓武藤舜秀先發言，由此就可以看