印尼華人願意加入華夏國籍的都持有華夏護照。但這部分人只有不到一萬人，大部分華人仍選擇印尼國籍，部分華人持有印尼、寶島雙重國籍。這個時候的海外團體大部分還是承認寶島的，這點相信大多數人都知道，畢竟唐人街掛起五星紅旗的時候，還是90年代以後的事情，嚴格點考證，是98年以後的事。
1963年10月17日，印尼陸軍造反，強迫蘇加諾總統解散國會，蘇哈托這位“微笑的將軍”趁亂奪取了最高權力，從此開始了印尼軍人主政長達30多年的歷史。在這裡要說明的是蘇加諾是親大陸的，而蘇哈托是親寶島的。蘇哈托之所以政變成功，其中寶島當局秘密提供了支援，以期在蘇哈托上臺後能與寶島當局保持外交和正治上的合作。
澳大利亞人萊格在其所著的《蘇加諾政治傳記》中，就對這一過程有過介紹。
其實，何止是寶島情報局，反供的軍官們前指在新加坡，訓練基地在菲律賓，CIA提供教官，武裝了至少42000名叛軍。過民黨、美軍退役飛行員都“志願”提供服務。
於是整個行動表面上呈現出來的就是空中有不明國籍的飛機在幫叛軍空投物資，並提供轟炸服務，地面上是使用不明來源的槍械打仗的叛軍，海中還有不明來歷的潛艇遊弋，時而向海灘運輸人員、補給和裝備（有資料顯示，1958年2月，米帝海軍向蘇門答臘叛軍提供了可以武裝8000人的武器外加100萬米刀和供叛軍進行軍事訓練的教材）。1958年5月18日，對安汶的轟炸行動中，米帝飛行員艾倫·勞倫斯·波普被擊落並被俘，他身上還帶有證明他是米國空軍以及CIA馬甲航空公司CAT的飛行員。
那麼，蘇哈托得到這麼多的支援，他要做什麼呢？
很簡單，反供。
說明白點就是屠殺。
說準確點，就是按照米帝CIA的名單來捕殺供。產。黨人。
這就是60年代第一次反華的背景。
蘇哈托殺供產黨，殺的過程中當然遵循三光政策，在這個過程中，寶島和親寶島的華人歡呼雀躍，為蘇加託政權提供大量武器彈藥，還利用自己熟悉華人的特點，為蘇哈托提供情報，將華人中的供。產。黨殺的是一乾二淨。
9·30事件之後，華夏大陸與印尼斷交，所有持有華夏護照的人躲進了華夏大使館，撤回國內。而不願意加入華夏國籍的華人，只要帶著供。產。黨印記的，幾乎被自己的“同胞”送到了印尼猴子的刀口下。
美國中央情報局曾經把這段時間的印尼稱為“20世紀最慘的集體謀殺”，估計有50萬名“左翼分子”被殺，另有60萬名未經任何審判被關進牢裡。
60年，所有華夏人和親華夏的華僑共計9萬餘人，全部撤回祖國大陸。
專門針對華人的行動，自1967年10月展開。
印尼當局將西加里曼丹與馬來西亞交界處一片廣袤的土地劃為“紅線區”，強迫居住在該區域內的華人往山口洋、坤甸等都市遷移；更有甚者，印尼軍方散佈搖言，指稱有9名大雅族（印尼高山原住民）的長老被華人所殺，藉以挑撥華人與大雅人之間的關係。直接導致了“紅碗事件”，大批華人被屠殺。
那麼，為什麼矛頭開始轉向這些曾經給他們提供大量武器彈藥的華人呢？
其實道理很簡單，匹夫無罪，懷璧其罪，誰讓華人有錢唄！
印尼開始屠殺後，華夏大陸還是留了後路的，大陸的使館留守人員一面進行外交交涉，一面通知當地的華人社團，到使館避難，先後有5000多人透過在使館避難倖免一死。
但是這個時候，寶島當局，在正治第一，生命倒數第一的思想指導下，向印尼華人社團發出如下文字：“儘量揭發中共誘