部的秘書一樣，曹文莊做事周到細緻，小心翼翼，加上他辦事穩妥城府很深的個性，很快便贏得了上至“老闆”下至同僚的滿意，他的仕途也展現出一派喜人景色。果然，在擔任了一個時期秘書後，曹文莊擔任了局辦公室主任、局人事司司長等職。
2002年，曹文莊結束了秘書生涯，擔任國家藥監局藥品註冊司司長的要職。
藥品註冊，就是藥商們俗稱的“批藥號”，在醫藥企業，人們都知道，拿到了藥號就等於拿到了金山，沒有藥號，企業就無法生存。而掌管藥號的是誰——曹文莊。他掌管了全國藥品審批文號的大權，在他所上任的那個時刻，在許多人看來，藥品註冊司司長是藥監局最具實權的崗位，這個崗位儘管只是司局級，但其中的含金量簡直無法估算。
權力是柄雙刃劍，當絕對的權力給他帶來無尚榮耀的同時，也無情地戳破了他的幸福人生，使他的命運駛入了歧途。
2006年1月12日晚，北京郊區的寬溝。正在主持2006年全國食品藥品監督管理工作會議的曹文莊，被偵查人員從會場上帶走。時年44歲的曹文莊被中紀委“雙規”。
鄭筱萸和他的秘書們 第五節（2）
由這一天命名的“1·12專案組”開始了緊張的辦案工作，藥監繫統的窩案、串案一一暴露在辦案人員面前。先後查處的有藥品註冊司助理巡視員盧愛英、國家藥典委員會常務副秘書長王國榮。
曹文莊等人受賄案是如何敗露的呢？網上流傳的各種資訊不一而足，有的說他瘋狂尋租，導致天怒人怨，東窗事發；有的說他妻子過於張揚，大肆索賄，終致入獄。有一種較為可靠的訊息稱：曹文莊等人的落馬，緣自一家國外製藥企業的舉報。
中國醫藥市場亂象叢生，監管官員大肆尋租，不僅使國內醫藥企業怨聲載道，有意進入國內市場的國外藥企也極為不滿，市場經濟規則的嚴重破壞打破了公平競爭的法則，使這些境外企業損失慘重，於是，一家境外藥企首先站了出來，以確鑿的證據在境外媒體上揭露了幾家企業向中國國家藥監局官員行賄20萬歐元的醜聞。
一石激起千重浪。
報刊、網站紛紛轉載，響應者發帖予以聲援，一時間輿論鬧得沸沸揚揚。這些訊息引起了中國政府的關注，曹文莊等人開始進入中央紀檢部門的視野。
據有關人士透露：曹文莊被“雙規”後，口風很緊，與辦案人員百般周旋，就是不肯吐露實質性問題。辦案人員加大了心理攻堅力度，申明大義，曉以利害，收到成效。
2006年春節期間，已經關押了一個多月的曹文莊態度出現積極變化，開始對自己的問題進行交代。他找到律師，就有關檢舉立功方面的問題進行詳細諮詢。從那時起，鄭筱萸進入專案組的視野，隨著專案組的初步核實，鄭筱萸的腐敗問題暴露出來。
一位權威人士透露，鄭筱萸案是在查辦該局一批局處級幹部違紀違法問題時，發現了他本人的違紀線索，進一步深挖出來的。
對此，中紀委副書記、中紀委秘書長幹以勝表示，我們高度重視在查辦案件中發現的線索，特別是有關涉案人員交代的線索，對有關線索進行深挖細查，對“案中案”抓住不放，查處了一批“窩案”“串案”。
2007年6月21日，曹文莊被押上了審判臺。
有目擊者描述：曹文莊穿著一件淺色襯衫，戴著眼鏡，顯得文質彬彬。檢方指控曹文莊在任藥品註冊司司長期間，利用手中的權力，在為企業藥品辦理註冊審批事項過程中，於2003年至2005年間，接受請託，為兩家制藥企業在藥品審批等方面謀取利益，非法收受人民幣150萬元、美元8萬元，共計摺合人民幣約230萬元，數額特別巨大，情節特別嚴重，涉嫌受賄罪。