由於爭功搶首級引起混亂，城防轉弱。太平軍主力忽然蜂擁而至，清軍來堵缺口時，另外一支太平軍已經從水西門（三山門）越城而入，南京失陷。
欽差大臣陸建瀛從將軍署往外跑，在一個叫十廟的地方被太平軍捉住，未及求饒，就被當街砍頭。前廣西巡撫鄒鳴鶴、署布政使巡道塗文均、糧道陳克讓、上元縣知縣劉同纓等人，均被太平軍處決。江寧將軍祥厚、副都統霍隆武有血性，率少數清兵死守內城，危難時，盡驅兵士家屬（多半是婦人）登陴拒守，與太平軍相持兩晝夜，最終眾寡不敵，均被殺。有老弱未死者數百人，都被太平軍中的娃娃兵驅趕到城外河中淹死。三萬多滿人，看似下場悲慘，不過，如果讀過《揚州十日紀》的人，可能會對他們的遭遇有另外一種感受。
陸建瀛死訊傳至北京，清廷認為他屬於&ldo;死節&rdo;，想大加贈恤。有御史上言，直斥他在恩長之役中見死不救，並說他遁還金陵後，又與將軍祥厚不和睦，致使南京如此堅城12天被陷。&ldo;其被殺於十廟地方，是已逃而終不能逃，非陣亡自盡者，不可同城亡與亡者（祥厚等）比。&rdo;清廷認為有理，只賞還其總督一銜，算是對這個庸官的恩恤。對於陸建瀛的貽誤大局，當時就有人作詩譏評：&ldo;疆帥控上游，初議豈不壯。舳艫亙千里，江皖賴保障。前矛甫遇賊，一戰總戎喪。翩然乃退飛，踉齧棄兵仗。匿跡歸白門，吾民復何望。城中十萬戶，湍決各奔放。大府方閉閣，精嫌仍未忘。&rdo;老陸此人，實無大略，乃當時&ldo;巧宦&rdo;的典型，只知曲投時好，俯仰浮沉，遭逢有事之秋，肯定沒有好下場。太平軍靠&ldo;上帝&rdo;，陸建瀛自己信&ldo;霜神&rdo;。初迎戰時，他每每對士兵大言己軍上方有裸身女神在督兵，騙人騙己，誰都不信。回奔南京後，他又聲稱&ldo;觀音大士&rdo;幫助守城，下令南京士民天天焚香禮拜，敬崇觀音。最後幾天，老陸實在無計可施，派兵士扛無數神道紙人上城，嚇唬城下太平軍說有&ldo;眾神天助&rdo;，使得城下的太平軍笑聲一片……所以，如此一個欽差大臣，只能以八字相贈：荒誕騙民，粉飾欺君。
南京陷落，不僅北京的清政府中樞震驚，全國震驚，全世界都感震驚，時任英國使華全權代表兼香港總督的文翰，就立刻向倫敦發去報告，分析南京被太平軍攻陷之事對滿清政府的影響：
如南京陷落一成事實，中國政府將受到自變亂發動以來所未曾有之嚴重打擊。所以者何？中國故都之地位，以及其在歷史上之關係，在中國人心中如何重要，姑置不論；即以地勢言，南京城在揚子江岸，大而且要，居帝國之中央，接近運河，實足以阻礙一切交通，切斷米糧運往北京之路；今竟被強有力的大隊武裝叛徒所佔據，此事誠未可忽視，尤不應隨意加以掩飾。
福禍相倚。南京，這個中國極具政治意味的大城市一朝得手，於太平軍而言，雖然號稱奇勝、大勝，最終在此為&ldo;首都&rdo;，卻喪失了千載一時的大好歷史機會，也為太平天國日後的喪亡埋下伏筆。
想當初，洪、楊等人起事時，目光窄淺，&ldo;江南&rdo;之地，他們只嘴上說說而已，萬水千山哪等閒！將近一年半時間，這些戴紅頭巾、拖家帶口的隊伍一直在廣西境內兜轉，桂平、武宣、象州、平南，悠悠轉繞，直到1851年9月25日攻佔永安（今廣西蒙山縣）。如此巴掌大的一塊城池，對當時沒見過世面的眾多太平軍將士來說，已經是&ldo;大城市&rdo;了。他們在此地一待就待了半年多，洪秀全本人還弄了36個美妃天天&ldo;言傳身教&rdo;。小小永安城，偏於一隅，拜上帝會頭頭們封王建制，製作禮樂，說