先說保護程式，它雖然能夠幹擾主創程式的掃描，隱匿歸零核的蹤跡，卻有一個致命的缺點，那就是臨界線。臨界線限制了地球生命的進化，使人類以及地球上的所有物種都陷入了&ldo;零進化&rdo;時代。一直以來，崔夢受範夜山矇蔽，以為人類進化的停滯是由主創程式導致的，沒想到卻是因為保護程式。
臨界線是個十分危險的東西。因為一旦人類意識到宇宙的真相，即創世程式的存在，那麼思想便會覺醒，思想的覺醒則會觸發人類的再進化機制。從理論上來說，只要有百分之六十以上的人口覺醒了，便會衝破臨界線，導致保護程式的失效。也就是在這種情況下，從秦朝開始，中國便誕生了兩個互相對立的秘密組織。
其中一個組織是保護派，也就是現在的&ldo;暗&rdo;。話說秦穆公拿到歸零核後，很快便接觸到了反抗聯軍的人。為了保護歸零核以及地球文明，秦穆公秘密成立了此組織，並且成為該組織的一員。他死後葬在了秦嶺，歸零核便葬在了他的墓裡，由他親手挑選的幾十個勇士服下了不死神藥，世世代代守護著這片陵地。並且為了不被噬夢，他們還佩戴了能夠克蟻貘的青銅吊墜。那些吊墜也都是戰爭遺留下的東西。但沒想到的是，不死藥卻產生了極大的副作用，這些勇士最後都變成了喪失人形和心智的水猴子。於是，在七千年前那場規模龐大的星際戰爭中倖存下來的傀儡師們，便成為守護歸零核的主要力量。
而八目天王又親手締造了另一個組織。八目本來是創世程式設定的觀察者(每個星系都會有一個觀察者)，他追隨著釋迦牟尼的蹤跡來到了地球，但秦穆公當時已經死去，他所遇到的是秦始皇時代。八目許諾秦始皇，幫他一統天下，但條件是要他幫助尋找龍紋玉玦。秦始皇答應了他的要求，但讓八目也始料不及的是，秦始皇繼承了秦穆公的意志，也是組織的一員，他在取得天下後，竟然斬殺了八目。
但八目在臨死前已經埋下了動盪的種子。他暗中籠絡了秦始皇的殿下執戟郎中範夜山，賜他以永生之身，讓他留在世間代替自己。從秦朝開始，範夜山的活動目的始終只有一個：促成人類的再度覺醒，破壞地球的保護程式。八目曾經對範夜山許諾過，當保護程式破壞之時，他將重新親臨地球，賜予範夜山可以脫離主創程式的權力。這便是範夜山口中所謂的&ldo;永恆的自由&rdo;，但這自由只是屬於他一個人的。
我的話說完了，他們都愣愣地看著我，一個個目瞪口呆。我很理解他們的感覺，如果換成是我，我也會目瞪口呆的。愣了半晌，李專員忽然觸電一般地跳了起來，指著我說：&ldo;你，你這是唯心主義的典型言論，在王主任面前你竟然敢說什麼宇宙是被程式創造出來的，什麼人類已經停止了進化，你這是形上學，公開與歷史唯物主義唱反調!什麼永生，什麼水猴子，你這是公開宣揚封建迷信思想!你歷史觀何在，世界觀何在……&rdo;
&ldo;坐下!&rdo;王主任有些慍怒地瞪了這個人一眼，&ldo;先聽聽別人的意見，說話別那麼草率!&rdo;
李專員什麼都沒說，又乖乖地坐了回去。王主任把目光轉向了康錦：&ldo;康教授，你一直是學術界的翹楚，對於長青剛才所說的話，有什麼看法?&rdo;
康錦沉吟了一下：&ldo;雖然長青剛才說的與我們經歷過的一些事情不謀而合，但我對這整體的因果關係還是持保留意見。我不認為有一種智慧生命能夠建立這樣一個宇宙，這從理論上是說不通的，並且最重要的是，現在我們也沒有關於這一點的確證。如果要讓我下一個結論的話，這更像是一場惡作劇似的陰謀。這個玉玦裡面，可能嵌入了某種能讓人產生精神感應的脈衝裝置。還是那句話，