別結成了西人黨和東人黨繼續進行鬥爭，擁立高麗宣祖不同的王子。
在西人黨擁護的信城君暴卒等等一系列事件發生之後，擁護光海君和臨海君（也就是李琿的哥哥李珒，當時是國主的庶長子）的東人黨文臣取得了政治的勝利。
但是在勝利之後，東人黨大臣們因為如何處置西人黨發生了分歧又分裂了，主張強力對待西人黨的一派成為了北人黨，主張緩和對待的就成了南人黨，兩派繼續繼承了先輩文臣們的風範，繼續進行內鬥。
在朝中內鬥得不亦樂乎的時候，倭寇趁隙入侵了，在這種被稱為壬辰倭亂的大禍當中，忙於內鬥、極為**的高麗朝廷哪裡是豐臣秀吉的大軍的對手，短短時間內就丟掉了大片的國土，國君和大臣們都逃離了國都，尋求大明的幫助。
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第1521章 內鬥不休
而在這場大禍當中，臨海君李珒被倭寇俘虜，相應地也失去了繼承王位的機會，而好不容易趕走了倭寇之後，原本以為自己能夠安穩繼承王位的李琿，突然多了一個弟弟永昌大君李？，李？雖然年紀小了他很多歲，但是他是王后所生的嫡子，在注重宗法繼承的高麗，天生就極受重視。
於是內鬥繼續，暫時取得了政治鬥爭勝利的北派分為了支援光海君李琿的大北派和支援永昌大君李？的小北派，宣祖在離世的時候，選擇不立幼弱的嫡子，而讓光海君李琿繼位，但是遺命小北派的領袖柳永慶等大臣保護永昌大君李？不受迫害。
然而，已經登上了王位的李琿，當然不會讓自己的那些兄弟們再威脅到自己的王位了，他在繼位，的第一年就殺死了柳永慶等等小北派的大臣，然後第二年就殺死了自己的哥哥臨海君李珒，在數年之後更是將年僅八歲的幼弟永昌大君李？殘酷地蒸殺，
伴隨著李琿的殘酷清洗，擁護李琿的大北派就獲得了政治上的勝利，在李琿承繼王位的過程當中發揮了極大作用。
然而，擁護他的大北派文臣們理所當然地繼續發揚了先輩們的光榮傳統，內鬥不斷。這次他們更加推陳出新，一次分成了三派：骨北、肉北、中北。在不遜於先輩的殘酷搏殺當中，一大批朝臣被處死或者流放，以李爾瞻和鄭仁弘為首的肉北派獲得了最終的勝利。
而在此期間，為了感謝這些朝臣們歷次磨難當中幫助自己的功績，李琿冊封了四批功臣，衛聖功臣（幫助光海君登位的大臣）、翼社功臣（剷除臨海君的大臣）、定運功臣（剷除柳永慶的大臣）、亨難功臣（剷除金直哉的大臣）。而鄭仁弘被冊封為瑞寧府院君，並升為左議政，可謂是位極人臣。
然而，好景不長，李琿的這種殺戮自己兄弟、監禁後母的舉動遭到了信奉倫理的民間和下層官僚儒生的一致聲討，而在朝臣們的自行殘殺當中，肉北派的暴政也喪盡人心。
與此同時，在北方女真部落的首領努爾哈赤統一了女真，也嚴重威脅到了朝鮮王國的安全。當時秉政的李琿為了整頓國力，實行“兩端政策”，也就是騎牆中立，既不得罪明朝也不得罪後金的政策。
然而，在當年曾經參加援朝抗日、多少對高麗有恩的大明經略楊鎬的強烈要求下，萬曆末年，李琿派出了軍隊與明朝軍隊結為聯軍共同征討後金，發動了“薩爾滸之戰”。
在這一戰役中，眾所周知聯軍慘敗，被努爾哈赤的後金大軍打得一敗塗地，而光海君和大北派在事前就對戰事的結果十分不看好，指令高麗軍隊儲存實力。高麗軍隊的消極避戰令大明方面十分不滿，加之努爾哈赤對高麗的籠絡，使得明朝政府與李琿以及大北派政府之間的矛盾越來越大。