總兵毛洪言隨即在閩西、閩西北大肆召集新兵，組建了左右邵武、左右南平等四個師。
清軍也曾試著從贛南進軍閩西，但是王新化率經過改編的兩個師萬餘人自寧化越過武夷山攻入贛南石城，旋即克寧都州，守城寧都營全軍覆沒，此後王新化又在雩都擊潰南贛鎮總兵麾下吉安營、興國營、文英營，永鎮營，橫岡營等部，兵逼贛州城下。
由於江西止有兩鎮綠營，其中九江鎮大部已經東調江寧，剩下的又要震懾贛西防止義軍死灰復燃，因此身兼江西水陸師提督的于成龍只能一方面親赴撫州督戰，另一方面向湖北、湖南兩省請求援兵。不過湘省綠營中的鎮溪營、河溪營、綏寧營、長安營、保靖營左營、鎮溪營、河溪營等部已經相繼開入廣東，因此無力大肆援助江西，只有湖北派出了提標三營、黃州協一部以及蘄州、興國、均光等營頭輾轉入贛。
但王新化此時犯了一個戰略上的錯誤，為了獲得鄭克臧許諾的江西總兵的職務，他沒有趁著贛南清軍兵力不足的機會擴大佔領區，反而頓兵於贛州堅城之下碰得頭破血流。八月十七日，鑑於清軍援兵紛至沓來，王新化被迫自會昌州方向退回閩西固守。
八月二十日，江南地區的盛夏接近尾聲，康熙率兵離開江南趨蘇州而杭州。
九月初七，康熙抵達杭州，隨即召開軍事會議，決定以一部先攻象山、太平，其餘各軍在浙江分兩路，在江西分兩路，在廣東分一路，五路圍攻福建。
總boss一聲令下，清軍頓時有如打了雞血一樣。九月十一日，捷報首先從太平傳往杭州，在清軍的反覆攻打下，洞頭都督府被迫撤出在太平的部隊，並撤出了全部的屯民。為了激勵清軍的鬥志，康熙千金市骨，當即簡拔指揮作戰的台州鎮副將樺善為鑲白旗漢軍副都統。如此一來，前線的清軍便愈發的瘋狂了。
九月十三日，就在鄭克臧擊敗吳興祚所部的當天，清軍在付出極大代價後終於在南路逼近象山縣城，為了避免無謂的損失，洪磊下令將海龍驤師第二團所部盡數撤往舟山。不過為了反擊清軍咄咄逼人的勢態，鄭軍旋即在蘇北再度登陸，對兩淮鹽場大肆破壞之後，才在狼山鎮剩餘的守軍目視下揚長而去。
九月十四日至九月十七日間，鄭軍北方艦隊連續炮擊蓬萊、黃縣、福山、寧海、海陽、膠州、登州等地，並派兵上岸掠奪人口。對此，曾經擔任過江寧織造的山東巡撫桑額一方面命令綠營登州鎮嚴防死守，一方面向杭州和北京同時飛報，不過其在上奏的摺子中稱道，這是鄭軍黔驢技窮的表現，意在圍魏救趙，山東有能力自保云云。
九月十九日，清軍以長江水師各營、太湖水師營、京口將軍水師營等保留下來及重建的水師單位發起對舟山的登陸作戰，由於清軍水師不敢光明正大的越過杭州灣從寧紹等較近的地方進擊昌國本島，所以清軍被迫從松江出發，水程遠了不說，還在出航後不久為鄭軍通報船所查偵。鄭軍舟山分艦隊旋即調集全部軟帆炮船揚帆出航，在灘許山、大白山西北洋麵順利截擊了清軍舟船。最終，鄭軍以船大勝船小，以炮多勝炮少，一舉擊沉擊毀清軍船隻二十九隻，俘獲另外十五隻及船上一千餘官兵，其餘清軍舟船四下逃竄，利用鄭軍追擊同伴時不克分身之際才得以逃出生天，不過清軍強行登陸昌國、岱山等地的圖謀就此泡湯了。
水師的再次慘敗並沒有打消康熙的戰意，他很寬宏大量的饒恕了指揮海戰的京口副都統等人，但是到了申時二刻，一封來自廣州的加急軍報傳入杭州行宮，頓時引起了這位“聖君明主”的滔天怒火。康熙一改兩個時辰前寬仁的嘴臉，下令抓拿吳興祚進京受審，以廣東巡撫朱弘祚署理兩廣總督、廣東藩司江有良署理巡撫，調江寧將軍博霽為廣州將軍，升江南陸師提督繆齊納為江寧將軍。
等心急火燎的處置完廣東官