計的犒賞，以免重蹈第一次夏、日戰爭中城市遭劫的慘劇。
十月十七日，在沿海地區站穩腳跟的夏軍開始沿著澱川向平安京進發，沿途地侍紛紛逃亡，夏軍得以兵不血刃的控制了和泉國大部、攝津國西部及山城國的部分土地。只有輾轉進入大和國的德川吉宗還在高調的以御三家的名分召集近畿、東海各藩，組織抗夏大軍。
十月十九日，夏軍進入平安京。根據之前與公卿們達成的協議，天皇朝廷發出了幕府是朝敵的詔書，並宣佈剝奪家宣的將軍之位實施王政復古以日本朝廷重新執掌天下權力。訊息一經傳開，日本全國譁然，各地武家惶惶不可終日，不少人宣佈繼續效忠幕府，當然也有人立刻就改弦更張了。其中，西國的毛利家就不出意料的第一時間宣佈歸順朝廷，而有影響力的鳥取、廣島、岡山諸藩就意外的繼續保持沉默，讓各藩大呼不妙。
王政復古的訊息傳到江戶，幕府上下捶胸跌足，一副末日來臨的樣子，對此，將軍家宣也十分吃驚。家宣原本以為夏軍會沿著上一次攻日的路徑捲土重來，為此他在江戶地區佈下重兵應戰，卻沒曾想這次夏軍卻虛晃一槍直奔近畿，讓他的圖謀落空，更沒有想到華夏會聯手朝廷和地方強藩，讓幕府的統治有土崩瓦解的可能。
在形式已經極端不利的情況下，家宣立刻召集親藩和譜代會議。在幕府面臨滅亡的時刻，德川綱條等親藩也終於團結起來支援幕府與夏軍決一死戰。得到了親藩和譜代的支援，家宣便發出詔令，宣稱朝廷的旨意是在夏軍的攘挾下做出的，是無效的，要求各地大名繼續忠於幕府，齊心協力把夏軍趕出國門。
幕府的反擊詔令雖然下達了，可是幕府軍卻無法第一時間趕到近畿和西國作戰，更有甚者，幕府內部有人擔心夏軍可能實施聲東擊西之策，一旦幕府主力離開江戶，夏軍就有可能利用強大的海運能力乘虛而入，再佔江戶地區。
既然幕府主力一時無法調動，家宣只好授權德川吉宗出任近畿總大將、尾張藩主德川吉通為副將，命令兩人就地組織兵馬迎戰夏軍奪回京都重新控制朝廷。
在幕府的餘威下，中山道、東海道的各藩大名紛紛出兵向近江國集中。只是總大將吉宗和副將吉通之間關於如何作戰卻發生了矛盾。吉宗自然是按原定的設想，試圖以襲擾為主要作戰方式，以拖待變，消耗夏軍的軍糧及火藥；而吉通卻要求根據幕府的指令儘快奪回京都，以免部分諸侯動搖，進而分裂日本，造成幕府權威喪失。
兩人的見解孰高孰低，自是仁者見仁智者見智，不好作出一定的評價。只是隨著毛利家表明態度，北九州的福岡（筑前）藩、佐賀（肥前）藩、平戶藩也相繼支援朝廷，這就讓吉通的主張佔了上風。而廣島、大洲、麻田、小松、足守、山家、福知山等最終在夏軍大炮的威脅下投靠天皇朝廷更是壓死駱駝的最後一根稻草。
華夏武成十一年、日本東山天皇寶永九年十二月十六日，德川吉宗和德川吉通統兵四萬進入山城國，與夏軍在平安京外伏見一帶會戰。此戰，夏軍投入二萬人、六十餘門火炮。對陣的幕府軍雖有四萬但卻是諸藩拼湊的雜牌，少量精銳如紀州備也被有私心的吉宗雪藏，因此根本無法與夏軍抗衡，短短半天就潰不成軍。夏軍順勢追擊，一路追殺至近江境內，幕府軍大敗而歸，先後有近萬日軍或亡於陣前或死於逃命路上。
戰後德川吉宗遁入伊賀、德川吉通逃亡美濃，德川幕府在近畿統治徹底土崩瓦解。
隨後，夏軍又以水師三旅及僕從軍合計萬人在阿波境內擊敗德島、土佐、伊予松山、今治和宇和島等四國諸藩的聯軍二萬人，確保了己方後方的安全。
受到夏軍兩次大捷的影響，岡山、岡田、朝日山、小泉、圓部、峰山、林田等藩紛紛轉向，一時間除了無法更改陣營的幕府親藩