隨著多元宇宙合作在各個層面不斷深入拓展，在享受著合作帶來的諸多成果以及觀念變革的同時，一個更為宏觀且嚴峻的問題逐漸浮出水面——宇宙秩序的挑戰。在多元宇宙這個宏大且複雜的舞臺上，不同文明的匯聚與合作打破了原本相對獨立、各自遵循自身規則發展的局面，新的互動模式和利益訴求不斷湧現，如何建立起一套公平、合理且能被廣泛接受的宇宙秩序，成為了擺在所有參與合作的文明面前的一道難題。
在資源分配方面，多元宇宙中蘊含著種類繁多、數量龐大的資源，從常規的能源礦產到那些只存在於特定宇宙環境下的奇特物質，每一種資源對於各文明的發展都有著重要意義。然而，不同文明所處的宇宙區域不同，對資源的獲取能力和需求程度也各有差異。在合作探索過程中，就出現了資源分配不均的問題。
例如，在一些能源資源豐富的宇宙區域，部分文明憑藉著更先進的探測技術和地理位置優勢，率先佔據了較大份額的開發權，這使得其他文明在資源獲取上相對處於劣勢，引發了一些不滿和爭議。而且，對於那些新發現的特殊資源，各方對於其歸屬和分配方式往往難以達成共識，畢竟每個文明都希望能夠在這些珍貴資源的利用上獲取最大利益，這就導致了在資源分配環節時常出現矛盾和博弈，影響了合作的和諧氛圍。
在技術交流與共享方面，雖然合作初衷是希望透過技術互通有無，共同推動多元宇宙探索和文明發展，但實際操作中也存在著一些問題。有些文明擔心將自己核心的、具有競爭優勢的技術完全共享後，會失去在未來發展中的主導地位，因此在技術交流時有所保留，只願意分享一些相對邊緣的技術成果。而另一些文明則覺得自己在技術共享過程中付出較多，卻沒有得到相應的、足夠有價值的回報，感覺受到了不公平對待，進而對合作的積極性產生了影響。
此外，不同文明在宇宙中的發展水平和發展方向本就參差不齊，隨著合作的開展，一些文明擔心自身的文化、價值觀乃至整個文明體系會被其他更強大的文明所同化或壓制，於是在合作中變得越發謹慎，甚至出現了牴觸情緒，這也給建立統一的宇宙秩序帶來了阻礙。
面對這些關於宇宙秩序的挑戰，各合作文明意識到必須要透過共同協商、制定規則來解決。於是，由各文明派出的代表，包括政治家、外交家、法學家以及各領域專家等組成的多元宇宙秩序協商會議應運而生。
在會議上，各方代表圍繞資源分配、技術交流、文明平等發展等核心議題展開了激烈的討論。針對資源分配問題，提出了多種方案，其中一種較為受認可的思路是，根據各文明的發展需求、對資源探索的貢獻以及所處宇宙區域的資源豐富程度等多方面因素，綜合制定出一個動態的資源分配係數，以此來確定不同文明在不同資源上的獲取份額，並且建立定期的資源評估和調整機制，確保資源分配能夠隨著實際情況的變化而保持相對公平合理。
對於技術交流與共享，協商制定了明確的技術分級制度，將各文明的技術按照重要性、保密性等因素劃分為不同級別，規定在不同合作階段、針對不同合作物件，哪些級別技術可以進行共享，以及共享的方式和條件等，同時設立技術監督委員會，負責監督各文明的技術交流行為，確保各方都能按照規則履行義務，避免出現技術壟斷或不公平的技術封鎖情況。
在保障文明平等發展方面，共同擬定了多元宇宙文明平等發展憲章，強調各文明無論大小、強弱，在文化、價值觀以及發展道路的選擇上都享有平等的權利，任何文明不得憑藉自身優勢對其他文明進行強制干涉或同化，並且鼓勵各文明之間在保持自身特色的基礎上，透過友好交流、合作互補等方式共同進步，同時建立文明衝突調解機制，當出現因文化差異、利益衝突