快心事後首尾多。砸廟砸東西痛快，很快就砸出事來了。
1847年（道光二十七年）底，紫荊山地區石人村計程車紳王作新帶領家丁、團練，以毀廟、宣揚妖書為罪名，捕捉了馮雲山。這下捅了馬蜂窩，會眾人員很齊心，拜上帝會會員盧六很快找了一些會眾，把馮雲山搶了回去。為此，王作新把此事告官，向桂平縣衙投狀，指稱馮雲山以村民曾玉珍家為窩點，非法集會，毀搗社稷神明，結盟惑眾，不從清朝法律。其實，王作新作為主控方有理有據，非法集會和搗毀公有建築在封建時代確為犯法行為。但是，當時的滿清政府，自鴉片戰爭失敗後，上上下下畏洋如畏虎，清朝中央政府應外國傳教士之請，已經有公文派發到各地，明令地方政府不要干涉洋教活動。因此，桂平縣的官員息事寧人，在押解馮雲山和盧六到官衙的同時，發傳票要王作新到庭，並聲言他有誣告和捏造事實的嫌疑。馮雲山方面，在監獄中不停申訴，辯稱自己只是相信基督教，並無不法行事，堅稱自己完全清白。由於察覺風向不對，事主王作新又怕教徒報復，屢不到庭對質，而盧六（馮雲山的表兄）又在監獄中得病而死。
押了幾個月後，新上任的桂平知縣索性小事化了，以&ldo;查無情實&rdo;為名，把馮雲山從牢獄中放了出來，只是認定他&ldo;無業遊蕩&rdo;，派兩個差役押送他回廣東花縣原籍。一路上，馮雲山巧舌如簧，竟然說服兩位差人也皈依了&ldo;拜上帝會&rdo;，三個人一起轉回了紫荊山地區。當然，馮雲山得釋，最關鍵在於會門兄弟集資捐款&ldo;科炭&rdo;錢（拜上帝會多燒炭礦徒，集資斂錢稱為&ldo;科炭&rdo;），四下在衙門中走關係打點。錢能通神，最終才使馮雲山順利出獄。從另一方面講，也可看出這些抱成一團的&ldo;拜上帝會&rdo;勢力越來越大，嚇得王作新一家人都不敢再在石人村家中居住，很怕招惹這些事兒頭。
馮雲山剛剛被逮時，洪秀全又怕又急，匆忙離開紫荊山，趕至廣州，準備親自鳴鼓喊冤，向兩廣總督耆英告狀，以圖救出馮雲山。因為清政府在道光二十五年經耆英上奏，已經明旨諭準對廣東的禮拜堂馳禁。可巧耆英內調離開廣東，馮雲山得釋，洪秀全就沒有見到這位身任兩廣總督的&ldo;青天大老爺&rdo;。
次年十月，二人終於在花縣老家會面，相擁久之，恍若隔世。
還有一件重要的事情要提。馮雲山在桂平縣被羈押期間，這年的三月三日，拜上帝會會員中的骨幹分子楊秀清自稱&ldo;天父&rdo;附體，玩起降神把戲，咣當一聲當眾暈倒，然後突然躍起，神情肅穆，自稱代&ldo;天父上帝&rdo;來傳言，把會中搖擺不定的黃姓家族成員驅逐出會。由於廣西一帶流行人神交通與鬼神附體的風俗，會眾們信以為真，楊秀清不僅獲取了極高的威信，也穩定住了馮雲山被逮後拜上帝會內部的恐慌情緒。
很快，楊秀清的燒炭同伴蕭朝貴有樣學樣，咣當一聲也倒地，鯉魚打挺躍起後，自稱&ldo;天兄&rdo;附體，與楊秀清演起了雙簧。
所有這一切，洪秀全、馮雲山兩個人，當時一個在獄中，一個在廣州，皆不知情。事定之後，二人就此也產生過猶疑：如果承認楊秀清、蕭朝貴的&ldo;天父&rdo;、&ldo;天兄&rdo;代言權，會友們對此堅信，那麼就意味著這兩個人日後在宗教上有超越洪、馮二人權威的可能；但是，如果拒絕承認，鬧不好會使會員產生內訌。思來想去，覺察到楊秀清、蕭朝貴二人當時沒有野心，洪、馮二人就決定接受這一事實。洪秀全聲稱自己是上帝之子、耶穌之弟，如此一來，天父、天兄二人的&ldo;代言人&rdo;地位，自然超越不了&ldo;上帝&rdo;的親兒子。日