即使在南京初破之際，洪秀全仍舊持有入河南問鼎中原之意，但最終為楊秀清說服，移駕入南京，改為&ldo;天京&rdo;，以之為首都。催使楊秀清下這一終極決定的，乃是一年老湖南水手，他&ldo;大聲揚言，親稟東王（楊秀清），不可往河南。（他）雲河南河水小而無糧，敵困不能救解。今得江南，有長江天險，又有船隻萬千，又何必往河南！&rdo;（《李自成自述》）所以，日後洪、楊僅派林鳳祥、李開芳率一支偏師北伐。
為了穩定軍心、人心，為了替自己主張定都南京大造輿論，在楊秀清授意下，太平天國出版了一本小冊子《建天京於金陵論》，共有41名高階領導人表態，語氣近乎一致，盛讚南京&ldo;虎踞龍盤&rdo;，&ldo;形險地勝&rdo;，從地理、經濟等角度大稱南京之好，集體為楊秀清抬轎子。一直頗具前瞻性和有進取心的楊秀清此時忽然變保守，沒有果斷地指揮軍民直接北伐撲向帝國的心臟北京，實為鑄成千古大錯。形隨勢起，勢隨形生。以當時太平軍昂揚的鬥志和生猛的戰鬥力，直落而下攻取北京，並非是不切實際的想法，完全有成功的可能。而且，偏師北伐在初期取得的連連勝利事實也表明，當時什麼水土不服、官軍眾多的顧慮完全是多餘，假設太平軍全軍盡力在攻落南京後立刻掃北，勝算極大。
機不可失，時不再來。太平軍主力至其滅亡也沒能真正踏上北中國大地，只能借豫王（胡以晃）、燕王（秦日綱）兩個王號，來意淫一下中原土地了。
太平軍自上而下最沒想到的是，他們自己入了南京這個&ldo;小天堂&rdo;後，腐化墮落得異常之快，很快就沉湎於溫柔鄉中。日後的內訌殘殺，更使得&ldo;天京&rdo;本身成為孤城一座。
當然，楊秀清決意定都南京，也有其可稱之處。當時，太平軍號稱&ldo;百萬&rdo;，那是算上家屬和沿路裹脅的民眾，真正有戰鬥力計程車兵僅十萬左右。而太平軍一路&ldo;攻下&rdo;的城市，其實多為清軍自己棄守，諸如長沙、桂林等戰略要地一直就沒能拿下。江南大塊地方雖然被佔，清政府並沒有到達崩潰地步，一直能組織起有效的軍事力量抵抗。太平軍入城僅十天，向榮就在城外孝陵衛扎立&ldo;江南大營&rdo;；未幾，琦善在揚州建&ldo;江北大營&rdo;。如果當時太平軍不顧疲勞即刻北伐，拖家帶口近百多萬的大軍腹背有敵，確實也是一個大問題。
建都南京，最起碼經濟上有保障，假如領導層軍事調動有方，立刻平定南方九省，集中兵力佔領蘇南和浙江，即使不打垮清朝，佔領南中國應該沒有問題。但是，保守的思想和貪圖安逸的作為，最終讓楊秀清等人定都南京後不思大的進取。
勝利之鼓轟天作響之際，其實隱約已經傳來了喪鐘之聲。
將領之中，時任&ldo;殿左一指揮&rdo;的羅大綱最明確反對建都南京和分軍北伐，他抗言說：&ldo;欲圖北必先定河南，大駕（洪秀全）駐河南，軍乃渡河。否則，先定南九省，無內顧憂，然後三路出師，一出漢中，疾趨鹹陽；一出湘楚，以至皖豫；一出徐揚，席捲山左。鹹陽既定，再出山右，會獵燕都（北京），雖諸葛（亮）不能御也。&rdo;為太平天國效過力的英國人呤唎也有類似看法：
南京的佔領至是已經成為太平軍成功的致命傷。任何一種成功的起義，都決不能放棄進攻的軍事行動；起義一採取守勢，它的威力就會受到挫折，除非它具有某種奇異的組織。革命成功的要素乃是迅速行動，一旦拋棄這點，舊制度的集中統一的力量就會十分便利地被運用來攻擊革命。
天王以安身於南京和著手於保護他的地位而犯下了一個致命的錯誤，他因這一錯誤而喪失了這個帝