告知義務，把患者的檢查診療等情況向患方交待明白，並做好談話記錄。其三，要求各臨床科室凡是住院的重症病人都上報醫務科，他都親自去檢視病人，瞭解患者和家屬方對疾病的理解知曉程度以及期望值有多高，對醫院醫療工作有何看法和意見，並代表醫務科跟家屬談話，仔細講解病情，使他們對危重疾病的後果有充分的思想準備。其四，根據程啟琨多年的工作經驗，很多投訴的醫患糾紛其實都不是醫療事故，因此，凡是到醫務科投訴的都是他親自接待，從醫學的角度向患者和家屬耐心解釋，用真情打動患者，化解矛盾。
第四，狠抓業務學習，醫務科每年對全院醫生進行考試考核兩次，以臨床“三基（基礎理論、基礎知識、基本技能）”知識為主要內容，成績記錄在案。根據醫院實際，各醫療醫技科室都要抓好人才梯隊建設，以保證醫院各學科持續發展的人才需要，為了嚴格把關，定了一項四個字的新規，叫做“逢進（晉）必考”，即：新“進入”醫院工作的醫務人員(包括新分配的和新調入的)要考試考核,選派去上級醫院“進修”前要進行本專業差額考試考核,“晉升”職稱職務前必須考試考核，考試考核成績作為人才使用的一項重要指標。
第五，凡是新進醫院的醫生，程啟琨親自對他們進行崗前培訓，內容包括：依法執業，國家醫療管理的法律法規，各級醫生的職責，各項醫療業務管理規章制度，怎麼正確開具處方、下醫囑、書寫醫療文書等，培訓考試合格方可上崗。
為了提高醫生們的學習興趣，醫務科在醫院報告廳組織舉辦大型現場答題活動，由各科選派優秀醫生兩人，設計了必答題和搶答題，醫院為優勝者頒獎，成績作為以後提拔的重要參考條件，還邀請了縣電視臺記者進行全程錄影，在衛生健康專欄節目中播出，激發了醫生的學習興趣。鼓勵醫療技術人員積極撰寫學術論文，參加相關學術活動，還經常在本院組織開展專題學術講座，凡是副主任醫師以上或作為有關專業學術帶頭人的主治醫師，都安排了講課任務，在全院形成了重學習重知識重技能的良好氛圍，使全院醫療業務水平得到了顯著提高。另外，過去醫院已經開展了遠端會診業務，但由於種種原因利用率不高，一年也沒有兩三例，裝置成了聾子的耳朵——擺設，根據醫學科學飛速發展的形勢需要，專門召開了一次由主管院長和各臨床科室主任參加的會議，要求各科室要大力開展遠端會診，不但可以留住病人，減少病人轉院，病人不出本地也能得到國內著名專家的會診和治療指導，有高難度的手術也可請專家來醫院實施，既方便了病人，還有利於促進醫院醫療技術的學習和提高。
經院長精心謀劃，醫務科牽頭，開展了很多新專案：獨立開展了冠狀動脈ct造影（ctA）、選擇性冠狀動脈造影、經皮冠狀動脈介入術、射頻消融術、腦血管造影、腦動脈瘤介入手術、腦梗死溶栓治療、腦出血微創手術等；還開展了腰椎間盤突出微創手術、經前路頸椎間盤摘除減壓術等手術，還有支氣管鏡、腹腔鏡、宮腔鏡、膝關節鏡等腔鏡技術等。使醫院的整體醫療水平上了一個新臺階。
程啟琨在縣總工會計算機培訓班學習成績不錯，辦公常用的計算機操作技術基本掌握，現在正好派上用場，很快學會了鍵盤盲打。他充分發揮自己有一定文學功底的特長，為醫院醫療管理工作撰寫計劃、總結、報告等文字材料，由於他文采出眾，又有豐富的醫學理論基礎，寫出的東西很有水平，獲得了院長的高度評價。程啟琨沒想到，在醫務科搞管理工作正好為他後來當民營醫院院長奠定了基礎。
除了寫材料，醫務科很多工作都要用電腦，程啟琨天天挺著脖子坐在電腦桌前，時間長了，他在抗擊非典時因外傷導致的頸椎病越來越嚴重，右上肢麻木疼痛實在不能忍受，已經不能堅持工作了。