最為普及和活躍的民間宗教組織。
《明史列傳10》載：“元末，林兒父山童鼓妖言，謂”天下當大亂，彌勒佛下生“。河南、江、淮間愚民多信之。潁州人劉福通與其黨杜遵道、羅文素、盛文鬱等復言”山童，宋徽宗八世孫，當主中國“。乃殺白馬黑牛，誓告天地，謀起兵，以紅巾為號。”
這裡面有兩個值得注意之處，一是造反的宗旨（也可以理解為策略）乃是“復宋”後來劉福通扶持韓林兒即帝，國號也是“宋”二是白蓮教的佛教性質，蓮花和彌勒佛都屬於佛教中的象徵物和人物，“明王出世”的宣傳，韓林兒的“小明王”稱號和“大明”國號均可用相關佛教經典解釋，應該是出自白蓮教教義。後來的白蓮教首領唐賽兒，則更直截了當的稱“佛母”那麼，這一切都與明教無關嗎？也不是這樣。白蓮教的教義和明教有很多相似之處，“據白蓮教的解釋，世界上存在著兩種叫做明暗”兩宗“相互鬥爭的勢力，明就是光明，代表善良和真理；暗就是黑暗，代表罪惡與不合理。這兩方面，過去、現在和將來都在不斷地進行鬥爭。彌勒佛降世後，光明就最終戰勝黑暗。”
（《白蓮教的歷史淵源》而這所謂“兩宗三際”說（兩宗即明暗，三際為青陽、弘陽、白陽）恰恰又是明教的基本教義，只不過抽象的“光明之父”被實體化了的彌勒佛所替代。此外，白蓮教教徒日常要求禮拜，“教首常於夜間聚眾拜燈，念靈文。”
也非常接近明教儀式。
元末明初之際，明教也並非衰弱到了毫無號召力的程度。據《中國通史》載：“溫州也是一處摩尼教徒集中的地方。那裡有一所”潛光院“，是一所明教寺院。元末陳高曾經提到它，並指出”甌閩人多奉“明教，教徒們”齋戒持頗嚴謹。日一食，晝夜七持誦膜拜“。有一些知識分子學習明教經典，隱居於此。”
這說明當時至少在東南各地的民間，明教仍然具有一定的影響。此外，當時還有一派與白蓮教相呼應，名為彌勒教的秘密民間組織，也就是縱橫兩湖的紅巾徐壽輝、彭瑩玉部，其教義也大體類似。
基本可以說，三教教義有眾多共同點，元末大暴動與此三教均密切相關。黎東方的《細說明朝》一書也說：“”這個革命團體的真正名稱是什麼，今已難考。在外表上，它只是半公開的—種宗教。有時候被稱為“明教”有時候被稱為“白蓮教”有時候被稱為“彌勒教”它的主要的口號是：“彌勒佛下凡轉世，作人間的‘明王”它的主要的戒律與活動，是燒香、點燈、吃素、做禮拜。“元至正十一年五月，“明王”韓山童遇害，劉福通起兵造反，次年春二月，郭子興與孫德崖等在濠州響應，朱元璋就在那個時候投奔過去的。其時天下大亂，元王朝搖搖欲墜，崩潰在即，割據之勢已成。在這個強豪們招兵買馬，東征西討的當口上，無需再用宗教去收買人心或建立組織，料不會有太多弘揚教義的心思，也不會有太多舉辦禮拜、唸咒文，燒香點燈等等宗教儀式的空閒。
所以說，本質而言，朱元璋只是白蓮教或者明教的投機者而已，是投入造反大潮中的百萬之眾中的一員罷了。當然，朱元璋又不僅僅是普通的一員。從元至正十一年三月投軍，到二十四年正月進吳王位，十三年的時間，朱元璋征服群雄，消滅了勢力最為強大的陳友諒，並屢破張士誠，江南半壁大半已入掌中，帝王之相成型。統一江山，南面稱尊唯待時日而已。明建國後，朱元璋於洪武三年即下旨禁“左道”明教與白蓮教同被禁止。
儘管最初朱元璋奉行“緩稱王”的韜諱政策，在元至正二十四年以前，一直尊奉韓林兒的“宋”朝，北面為臣。但公允的說，名分雖為君臣，實際更像是相互呼應的同盟，朱元璋與韓宋政權在政治、軍事、人事上均無行政方面的關係，畢竟逐鹿天下靠的是智慧和實力。