抵達湖廣武昌府之後，陳新甲採取了一系列的辦法，基本掌控了剿滅流寇的指揮權，五省總督孫傳庭儘管內心不舒服，但胳膊扭不過大腿，也只能夠任命，加之在這段時間之內，陳新甲與內閣大臣、兵部尚書楊嗣昌之間的聯絡非常的頻繁，兩人各方面觀點的認識漸漸趨於一致，這遠不是孫傳庭能夠比擬的。樂文小說陳新甲不笨，有著一定的能力，他很清楚皇上要求兩面出擊剿滅流寇的決定，是不符合實際情況的，若是按照這樣的方式去剿滅流寇，很有可能導致不可預見的結局，要知道李自成和張獻忠已經變得很是強悍，朝廷大軍只能夠採取打擊一路、穩住一路的做法，才能夠達到削弱流寇的力量、最終剿滅的目的，這就好比是小孩子走路，剛剛在地上爬的時候，你可不能夠要求他跑步甚至是下海游泳。
孫傳庭提出來的作戰計劃，陳新甲經過了仔細的研究，結合他到湖廣看到的實際情況，認為的確是可行的，但認同孫傳庭的作戰計劃，也是不行的，畢竟皇上有聖旨，已經否定了孫傳庭提出來的作戰計劃，如此的情況之下，陳新甲就需要找到變通的路子。
他曾經提出來兵分兩路打擊李自成和張獻忠兩路流寇的作戰計劃，甚至如何的排兵布陣都做好了，但結合實際情況，他徹底否定了自己思考出來的計劃，他認為孫傳庭麾下的近十萬大軍是不能夠兵分兩路的，必須要集中起來，打擊李自成或者張獻忠任何的一路流寇，且其他協助作戰的衛所大軍，必須要阻止兩路流寇的聯合。
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