鄭勛睿顯然不打算在這個時候撕破臉，但又不會完全按照朝廷的安排行事。
這是讓錢士升最為頭疼的態度。
內心裡面，錢士升想著讓鄭勛睿和皇上尖銳的對立，甚至是生直接的衝突，那樣皇上將更加依賴東林黨人，依靠東林黨人來對付鄭勛睿，他錢士升就可以趁著這個機會。安插東林黨人到更加重要的崗位上面，讓掌握大權的東林黨人更加的強勢，讓東林黨成為最為強大的黨派。
錢士升認為，既然是交換。東林黨也要得到好處，否則這樣危險的事情沒有人會做。
偏偏人家鄭勛睿就是不上當，根本不用什麼強硬的手段，而是婉轉的反擊。
被迫辭去知縣職位的那位官員，就是東林黨人。此人回到京城之後，錢士升勃然大怒，馬上主持內閣商議，準備對鄭勛睿提出最為嚴厲的彈劾，誰知道內閣次輔陳新甲不同意，陳新甲的原因也很簡單，流寇正在河南作亂，這個時候朝廷需要的穩定，絕不能夠出現波動。
就在這個時候，河南的局勢出現了變化。李自成和張獻忠兩路流寇都開始動作了，李自成朝著山西方向進軍，張獻忠朝著湖廣的方向進軍，駐紮在臨潁的五省總督熊文燦，寫了好幾道請示的奏摺，要求朝廷明確下一步的作戰計劃。
不僅如此，遼西一帶的關寧錦防線也出現問題了，薊遼總督洪承疇寫來奏摺，大淩河與錦州一帶現有大量的後金韃子活動，其意圖好像是想著進攻錦州城池。
遼西的錦州已經是關寧錦防線最為重要的一環。一旦錦州失陷，將直接威脅到松山、塔山、寧遠等地，這些地方的守軍是無法直接抵禦後金韃子的，後金韃子只要拿下錦州。可以直接兵臨山海關。
熊文燦與洪承疇的奏摺，讓錢士升的頭一下子就大了。
朝廷與鄭勛睿的正面較量才剛剛開始，誰知道局勢生了巨變，朝廷突然面臨最危險的局面了，流寇與後金韃子悉數動作，若是他們同時難。朝廷無力應對。
也就在這個時候，南京吏部的奏摺到了，提出了調整部分官員的建議，錢士升心煩意亂，將此奏摺丟到了一邊，誰知道內閣次輔陳新甲卻建議內閣同意南京吏部的奏摺。
錢士升當然不會同意，不過他不知道為什麼，皇上居然同意了。
後來錢士升才知道，陳新甲專門找到了皇上，不知道說了一些什麼，皇上同意了南京吏部調整的建議，既然皇上同意了，錢士升也不好直接反對了。
錢士升不得不面對最為嚴酷和危險的局面了。
皇上幾乎每日都要詢問應對流寇和後金韃子的事宜，強令內閣拿出來切實可行的意見建議，錢士升召集內閣大臣，商議了好幾天的時間，都沒有拿出來好的建議。
皇上對此當然是不滿意的，索性直接要求主管兵部事宜的內閣次輔陳新甲直接商議應對辦法，明顯將錢士升排斥到了一邊，這讓錢士升大受刺激。
陳新甲倒也是爭氣，在很短的時間之內就拿出了應對的辦法，他所提出來的建議，還是結合楊嗣昌的十面埋伏、四正六隅的作戰方案，要求熊文燦率領的大軍專門對付張獻忠麾下的流寇，要求山西、陝西兩省的衛所軍隊牽制李自成麾下的流寇，至於說遼西的後金韃子，則是要求薊遼總督洪承疇率領大軍，陳兵錦州，守衛錦州城，但不主動挑起與後金韃子的廝殺，以穩定遼西的局面為要職責。
從陳新甲的這個建議來看，其重點還是在剿滅流寇方面，以熊文燦率領的大軍先剿滅張獻忠及其麾下的流寇，以陝西和山西等地的衛所軍隊穩住李自成，這與已經故去的原五省總督孫傳庭的建議是完全一樣的。
遼西的局勢，陳新甲不是特別的擔心，他認為後金韃子不會主動進攻，畢竟連續幾次的戰鬥，後金韃子都是遭遇到失敗的