使司，行使司法事宜，其不歸巡撫衙門節制，由大理寺直接節制，統一直接對皇上負責。
分片設立軍區，大明設立七個軍區，第一軍區設立在北直隸，掌管北直隸、山東以及遼東所有軍事事宜，第二軍區設立在陝西，掌管陝西、山西以及草原軍事事宜，第三軍區設立在應天省，掌管應天、河南和浙江的所有軍事事宜，第四軍區設立在福建，掌管福建、江西和廣東的所有軍事事宜，第五軍區設立在四川，負責四川和湖廣所有軍事事宜，第六軍區設在雲南，負責雲南、貴州和廣西所有的軍事事宜，第七軍區設立在烏斯藏都司。
七大軍區駐軍人數事宜暫時不確定，等到局勢徹底穩定下來之後再行確定。
京城設立都督府，鄭家軍總兵出任大都督，每個軍區的總兵出任都督，七大軍區全部由都督府和兵部雙重領導，地方上不得幹預。
都督府和七大軍區由皇上直接管轄，都督人選調整，以及七大軍區總兵的調整，唯有皇上能夠做出決定，其餘任何人不得擅自決定。
裁撤薊遼總督、五省總督以及三遍總督等，其原來職能全部由七大軍區承擔。
府州縣的變動不大，按照原來的規矩執行。
備受關注的內閣，在第二份聖旨之中產生了。
戶部尚書徐望華、禮部尚書楊廷樞、刑部尚書周延儒、兵部尚書熊文燦、工部尚書甘學闊、左都御史文震亨、鄭家軍總兵鄭錦宏等七人組成內閣。
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