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不久，神族的族母女媧飛昇離開了神域，黃帝軒轅和炎帝神農氏便按照族母的旨意，守護神族遺址閉門思過。
性格暴躁的黃帝軒轅，一直想不通自己敬愛的族母為何這樣的對待自己和族人，便在女媧離開後不久，逃了出來，用了數十萬年的時間，在神域的各處尋找自己族人的下落，但都沒有發現一絲族人生存的痕跡。最終心灰意懶、失魂落魄的黃帝軒轅，傷心地在神域飄蕩，無意之間讓他闖入了光神元始和暗神元初的天尊領域，便悄然在天尊領域躲了起來。
其實，自黃帝軒轅已進入天尊領域，元始和元初就發現了黃帝軒轅，只是不願意揭穿而已，畢竟黃帝軒轅是女媧的族人。見黃帝軒轅來到天尊領域之後，只是躲在隱秘的地方修煉，便沒有去打擾他。沒有多久，冥王也來到了天尊領域，三人商量了去萬神煉獄的事情之後，便離開了天尊領域。
而元始、元初和冥王在離開之時，察覺到黃帝軒轅為了衝開自己體內的四道封印，快要到了走火入魔的邊緣，三位老天尊共同商議之後，念在女媧的面子上，將自己三人的封印作了一些手腳。不知內中原因的黃帝軒轅，如果不是三位老天尊在封印之上作了手腳，他就是在費上百萬千萬年也不可能將封印衝開。
黃帝軒轅在三位天尊離開不久，便將前三道封印一個一個的衝開了。衝開三道封印之後黃帝軒轅，修為境界迅速恢復到了古神的境界，而最後一道慈印卻再也衝不開了。
有了古神修為的黃帝軒轅，便在天尊領域住了下來，並在這期間結識了擁有天神境界的馬神和火神，以及接近古神境界的劍神，四人便在神域之內闖出了屬於自己的天地。而豪放仗義的黃帝軒轅，也為自己闖出了響噹噹的龍神稱號，被那時神域的頂級人物尊稱為龍大哥。
而犬神靈虛飛昇神域之後，很快來到了天尊領域接受光神天尊的傳承，這也就意味著黃帝軒轅必須離開天尊領域。非常氣憤的黃帝軒轅，便在天尊領域和犬神靈虛互展神通大戰起來。而靈虛則以一招之差勝了黃帝軒轅。在一旁觀戰的劍神、馬神和火神，都為黃帝軒轅感到十分的惋惜。
本來就對靈虛心存好感的黃帝軒轅，非常爽快地帶著馬神和火神離開了天尊領域。
離開天尊領域的黃帝軒轅，再次想起了自己的過去，心灰意懶的他將自己的全部修為傳給馬神和火神之後，便在神域之內銷聲匿跡了。從此，再也沒有人知道龍神軒轅的下落。
在一個無人居住的星球之上，如同凡人一樣生活了很久的黃帝軒轅，每天平靜安詳的日子也過的逍遙自在。有一天，他無意之中找到了自己在光神殿得到的一部修煉秘籍《古修神》功法。他也曾偷聽到元始和元初說過這部功法的缺陷，但想到自己現在和凡人沒有什麼區別，為了打發無聊的日子，把他當作一部消遣的書籍看了起來。
這就是天意索然，讓皇帝軒轅無意之中窺得天機。所謂《古修神》功法是違背自然法則的功法，那是因為少了最關鍵的一句話，那就是“先破而後立”。試想：不知道這個天機的神人，即使得到了這個功法，誰又會無緣無故的放棄自己百萬年的修為呢。而無法窺得天機修煉此功法的神人，最終修煉的結果就是走火入魔、灰飛煙滅。
黃帝軒轅自無意之中開始修煉《古修神》功法之後，功力得到了飛速的提升，在很短的時間之內，便讓他突破了古神的境界，進入了神人夢寐以求、無法達到的天尊境界。黃帝軒轅雖然已經達到了天尊的境界，但自己卻怎樣都無法衝破身上最後一道慈印。但能夠進入天尊境界，這已經讓黃帝軒轅驚喜不已。受權力慾望的驅使，讓他又找回了失落已久的信心，重新燃起了在神域大幹一番的信心。
抱著大幹一番的信心，黃帝軒轅又找到了馬神。此