福建巡撫朱一馮見海賊勢大，遂命令福寧鎮水師南路副將、加銜總兵官俞諮皋重新組建水師出兵討伐。結果倉促組建地閩省大明水師在九月中連戰連北。被嚴詞譴責的俞諮皋惶急無奈，乾脆建議“以夷制盜”，租借荷蘭船隻和水手討伐鄭一官。
十月，俞諮皋書面保證一定替荷蘭人向天子申請貿易許可，荷蘭人聞訊後盡數拼湊了在臺灣的全部戰艦。進攻福建銅山島的鄭一官。此時鄭軍人數已經超過兩萬，其中半數是福寧鎮的水師老兵，荷蘭水師一觸即潰，七艘戰船被擊毀一艘、俘虜四艘，還有兩艘連臺灣都不敢回了，而是直奔巴達維亞而去。
擊潰荷蘭人後，鄭一官繼續花重金從福建和日本招募水手和士兵，準備完畢後他便開始進攻福建海澄。駐守的一千官兵全軍覆滅，輜重船舶盡數為海盜所有，福建巡撫朱一馮哀嘆道：“徒黨皆內地惡少，雜以番倭驃悍，三萬餘人矣……”
十一月攻破海澄後，鄭一官積聚近兩萬水兵，船隻五百餘艘，在十二月強攻福寧鎮南路副將駐的廈門，數千官軍抵抗數日後總崩潰，俞諮皋逃亡泉州。鄭一官收編了福寧鎮水師後繼續攻掠漳州、泉州等地，閩南上萬福寧軍瓦解投降。鄭一官把能帶走的船隻盡數帶走，不能帶走的則付之一炬。“官兵、船、器俱化為烏有，全閩為之震動”。
天啟七年十二月底，鄭一官從沿海攻入福建內的，“海寇結夥流突內地，如沿海浯洲、烈嶼、大嶝、澳頭。劉五店，中左等處焚掠殺傷。十室九竄，流離載道。”福寧鎮南路崩潰時，絕望地俞諮皋派人向福寧鎮本部求救。此時黃石的三營兵力還在路上，趙慢熊手頭根本就沒有兵馬可用，所以就只能拒絕了俞諮皋的要求。
鄭一官殲滅了閩南福寧軍後，倒是把被俘的明軍軍官都好好釋放了，同時還讓他們帶信給朝廷，表示他願意接受招安，為大明“戍守海防”。放走了明軍的軍官後。鄭一官就在閩南設立告示，宣佈過往商販他都要收稅。出海當然也要交他一份保護費。
福建布政司奏疏朝廷：“遍海皆賊，民無片帆可以往來，商販生理斷絕。”這份奏疏抵達京師後，崇禎立刻下令逮捕俞諮皋問罪。
同時朝廷裡也吵成了一片，有些人力主讓黃石親自出馬，清剿閩海一帶的海盜，但也有不少人主張招安鄭一官，提拔他為福寧鎮的海防官。眼下的局面是福寧鎮南協已經崩潰，黃石雖然名聲響亮，但他和他的部隊也從來不以水戰聞名。最後皇帝決定一邊下令黃石著手剿匪，一邊還打算提拔熊文燦為福建巡撫，以便剿撫並用。
但軍費還是要福建省和福寧鎮自己籌措，在崇禎進行了大減稅以後，內庫的收入幾乎完全斷絕，無法再對國庫進行補貼，所以東林黨建議加農賦。加農賦並非從崇禎朝開始，萬曆朝雖然把農稅定為農民大約收入的三十分之一，但萬曆還是加了總額共計五百萬的遼餉地。不過萬曆、天啟兩朝，一旦某省出現天災，朝廷就會減免該省的賦稅。
崇禎天子意圖勵精圖治，可惜手中嚴重缺錢，於是就規定各省賦稅一定要實收，不許地方官拖延耽誤。同時崇禎和東林內閣認為應該顯示出新朝氣象，決議清查各省積欠流弊，以圖把以往歷朝落下的缺口都補上。
以陝西為例，萬曆朝估算每畝產糧大約能賣銀五錢左右，畝稅是銀兩分左右，加上遼餉兩分七厘，共應四分銀到五分銀上下。在萬曆年和天啟年間，遇到災荒的時候不但免去這筆，而且還會有相關地賑濟。
到了崇禎元年，皇帝的內庫已經無法對陝西災區進行賑濟，不但如此，崇禎還下令要一視同仁地收賦稅。
明朝建國初期，陝西各軍鎮的軍糧、武器、被服都由軍鎮自籌，進入小冰河期以後，主要由萬曆收來的雜稅進行補貼。現在內幣的源頭既然近乎枯竭，東林黨遂建議按照一條鞭例，把這筆