對人表示過對李子龍的不滿。李子龍出任海軍局局長並沒有經過當時正在二次東征前線的蔣介石的同意，蔣對此很不滿意。對於李子龍抓走私，懲罰陳肇英一事，蔣介石也不贊成，並讓中共有關方面通知李子龍不要做得太過分。因此，新右派當然不會錯過機會，狠狠整治李子龍一番，以解心頭之恨。
同是3月20日，上午，周恩來得到剛從第1軍第3師黨代表職位離任、改任黃埔軍校入伍生政治部主任的包惠僧的報告，急忙趕往造幣廠去見蔣介石。在戒備森嚴的廠門口，周恩來的4個隨身衛士被繳槍。
當週恩來面帶怒色見到蔣介石時，蔣介石忙對周恩來說：“恩來呀，李子龍及中山艦有兵變嫌疑，幸虧發現得早，李子龍已被捕，中山艦解除了武裝，第2師的所有共產黨員，為了保障他們的安全已集中看管。”
此時已升為第1軍黨代表兼政治部主任的周恩來有意問蔣介石：“既然是為第2師黨代表的安全，何必把他們捆綁起來呢？”
蔣介石頓時十分難堪，忙說：“誰叫捆他們的，豈有此理。”
捆他們的是劉峙，此人事後明明白白地說：“我是以校長的意思為意思，校長命令我幹什麼，我就幹什麼。”
周恩來對蔣介石這種損害國共合作的行為十分氣憤，他兩眼噴著怒火向蔣介石抗議道：
“你做得太過分了，現在我的衛士已被繳械，請你再改派衛士吧！”
說完便怒衝衝而去。
在第二次東征中，蔣與周同是指揮官，並肩戰鬥，共同對敵，兩人關係頗融洽。蔣介石見周大怒而去，也清楚周當時在中共內的分量，一時十分尷尬。他考慮再三，因怕引起公憤對他不利，便撤回了他的命令，於當夜派專人將周恩來的衛士的槍械全部發還。
“3·20中山艦事件”到底是怎麼一回事？
包惠僧是這樣看的：中山艦事件是王柏齡、陳肇英、陳策、歐陽格、徐祥、吳鐵城這夥新右派合謀製造出來的。他們一面包圍蔣介石說“汪精衛、季山嶽陰謀倒蔣”、“共產黨準備暴動”；一面佈置圈套：3月19日下午，偽造蔣介石的命令，要中山艦開到黃埔江面。同時他們包圍蔣介石，令其先回廣州去鎮壓他們所說的“共產黨的暴動”，蔣介石由廣州回黃埔的途中，真看到中山艦向黃埔開動，就信以為真了。
其實，蔣介石精明得很，他從種種跡象已看出了陳肇英這夥人在向他謊報軍情，他們是在玩“借鍾馗打鬼”的把戲。他心有點虛，事情鬧得太大了！就在周恩來怒衝衝地離開造幣廠不久，他就趕去汪精衛家“負荊請罪”，假惺惺地對汪精衛說：
“因事情緊急，事前未及報告，專擅之過……自請從嚴處分，以示懲戒。”
3月20日晚上9點左右，蔣介石趕到黃埔軍校對在校師生講話。他臉不變色心不跳地說：“中山艦黨代表李子龍沒有上級命令，擅自將中山艦升火開來黃埔，企圖謀害本人。這是一些野心家搞的陰謀，妄圖發動政變，推翻革命政府，幸及時察覺，事情已經平定，李子龍和一些有關的人已暫時拘禁。這事發生後，外面會有不少謠言，你們學生不要輕信，我們的革命政策，仍一如既往……”
中山艦事件（4）
就在蔣介石講話結束時，突然有個名叫王衷的學生提問：
“廖代表犧牲了，汪代表又去哪裡了？”
蔣介石以肯定的語氣回答道：“汪代表病了，住在醫院，剛才我還去看過他，過幾天，汪代表病癒，就會出院的。”
其實汪精衛沒有住院。
據包惠僧後來回憶說：“3月20日上午8時左右，我得到同意後去看汪精衛時，只見汪精衛對蔣介石的作為氣得兩眼發直，他用手捶胸，以頭碰壁，他簡直像小孩子