光政權成立後，新政府的內閣裡冒出了兩位實權大佬——代表東林黨的史可法和被東林黨稱為閹黨的馬士英。
福王朱由崧快到南京的時候，史可法就把南都的各部官員召集起來，商量新政權內閣的人選。大家討論來討論去，最後史可法、高弘圖、姜曰廣等人成功入閣。
本來誠意伯劉孔昭也想進內閣，結果史可法搬出明祖制“沒有勳臣進內閣的先例”，直接把劉孔昭入閣的念頭給拍死了。劉孔昭也不氣餒，馬上推薦了馬士英，還說：“我不行，馬士英有啥不行的？”接著劉孔昭又推薦了阮大鋮，可惜阮大鋮是魏忠賢閹黨逆案裡的人，被史可法給懟回去了。
朱由菘還沒即位的時候，南京這邊在長江以北先是被李自成的大順軍，後來又換成了清軍壓得死死的，史可法、高弘圖、姜曰廣他們幾個一商量，得像南宋一樣，搞個江北四鎮出來，好跟大順軍或者清兵幹一仗。
可這四鎮要想相互配合，一起行動，那就得有個統一的指揮。可這指揮讓誰來當呢？黃得功、高傑、劉澤清和劉良佐之前支援過馬士英，而且馬士英本來就是鳳陽總督，從軍事角度看，好像非他莫屬了。
但馬士英都已經入閣了，哪能隨便就去江北當督師啊。他就找了個藉口跟史可法說：“我帶兵比較松，老擾民，而且之前抓劉超，搞定老回回，累得夠嗆，現在沒力氣啦。您在淮河一帶那可是威名赫赫，士兵都怕您，老百姓都敬仰您，就跟神明和慈父一樣。您要是能出去主持大局，我在中間給您當參謀，聽您指揮，肯定能成功。”
馬士英在朝中有皇帝支援，外面有江北大軍的武力擁護，史可法可不想給剛建立的政權再惹上黨爭的麻煩，於是五月十二號就給弘光帝上書，自己請求去揚州當督師。
與此同時，當年崇禎上臺之初，處分了大量的魏忠賢餘黨，這些人有的被處死，有的被流放，還有一些則被迫辭職還鄉。如今，他們中的許多人雖然還活著，但已經離開官場十多年了。然而，隨著局勢的變化，這些人開始紛紛重新回到了政治舞臺。
對於這些人的復出，東林黨表示出了強烈的反對。因為他們認為，這些人與魏忠賢關係密切，曾參與過其惡行，應該受到懲罰。而且，東林黨擔心，如果讓這些人重回官場，會對自己的地位和利益造成威脅。因此，他們極力阻止這些人的復出，並試圖透過各種手段將他們排除在官場之外。
然而，這些魏忠賢餘黨的勢力依然龐大，他們透過各種途徑，如賄賂官員、結交權貴等，逐漸恢復了自己的影響力。同時，他們也得到了部分地方實力派的支援，使得他們能夠在官場上立足。面對這種情況，東林黨不得不採取更為激進的手段來對抗這些對手。
於是，南明政權從一開始便陷入了黨爭的劇烈鬥爭之中。東林黨與魏忠賢餘黨之間展開了一場激烈的權力爭奪，雙方都試圖利用對方的弱點來打擊對方。這場黨爭不僅涉及到政治立場的分歧，還包括個人恩怨、家族背景等因素。在這個過程中，雙方互相攻擊、誣陷，甚至不惜使用暴力手段來解決問題。
這場黨爭的激烈程度甚至超過了明朝後期的嘉靖、萬曆兩朝。在嘉靖、萬曆年間，雖然也存在著黨爭，但主要集中在高層官員之間，且規模較小。而南明時期的黨爭則涉及到整個官場，參與者眾多，影響範圍廣泛。此外，南明時期的黨爭還伴隨著軍事衝突、社會動盪等問題，使得局面更加複雜。】
“黨爭，這才那到那兒，沒有關係的！”萬曆皇帝喃喃自語道：“東晉也有黨爭，王導的弟弟王敦甚至一度率領大軍打到了建康城，最後還不是得讓司馬睿當皇帝。南宋也有兵變，甚至連宋高宗的唯一兒子也死在這場兵變之中。有爭執是正常的，爭一爭才能將死水下的泥渣都給帶出來。”他一邊說著，一邊緊張地搓著手，但