他利用建立根部的機會，不僅為三代目火影提供了支援，同時也為自己在木葉的權力架構中增添了一筆重要的籌碼。
根部，對於團藏而言，是他手中的一張王牌，更是他能夠左右木葉政局的秘密武器。
儘管兩者都身披暗部的外衣，但它們的本質和運作卻有著天壤之別。
暗部的忍者們，他們的最高領導者是火影，但這並不意味著他們只效忠於某個特定的人。
比如，當二代離世，把火影的位置傳給猿飛日斬時，暗部忍者的忠誠就會自動轉移到新的火影身上。
這時，上一任對暗部的影響自然也就減弱了。
暗部的行動雖然神秘，但它的目的卻是公開的：就是為了保護木葉村的整體利益。
暗部忍者心中燃燒的是火之意志，他們的忠誠物件不是某個人，而是整個木葉村。
相比之下，根部的成立完全是由團藏的個人意願決定的。
根部的成員雖然曾經宣誓要效忠於木葉，但實際上，他們真正的忠誠物件只有團藏一人，就連火影也沒有權力干預根部的行為。
團藏甚至曾經指揮根部企圖暗殺三代火影猿飛日斬，這一行為徹底揭示了根部實質上就是團藏的私人部隊，其存在已經超越了木葉村的正常統治秩序。
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簡單來說，暗部和根部之間的根本區別就在於，暗部的忍者不會執行任何針對火影的背叛命令，但根部的成員卻會毫不猶豫地聽從團藏的指令，甚至不惜走向黑暗的深淵。
此外，無論是暗殺、審問還是保護等任務，暗部和根部之間並沒有太大的區別。
暗部的成立初衷就是在關鍵時刻給予敵人致命一擊，而根部則在團藏的鐵腕領導下，變得更加專注於暗殺這一領域，其冷酷無情甚至超出了暗部最初的設想。
不僅如此，暗部和根部的著裝也極其相似，幾乎無法區分，他們都身穿黑色的揹帶服飾，佩戴著遮住面容的面具，身披寬大的風衣斗篷，隨時隨地都能融入黑暗之中，去完成那些不為人知的秘密任務。
然而，在這相似的外表下，暗部與根部的精神核心卻迥然不同。
暗部的忍者們，他們是自願為了木葉的安寧而捨棄自我，他們的犧牲是出於對村子的熱愛和對火之意志的信仰。
而根部的成員，他們則是在團藏的操控下，徹底摒棄了個人的情感與判斷。
他們如同被剝奪了靈魂的傀儡，只知道機械地執行命令，他們的世界，只有服從與死亡，人性在這裡已經被剝離得所剩無幾。
根部的真面目被隱藏得很深，只有寥寥無幾的幾個大忍族的高層才能夠揭開這層面紗。
而對於絕大多數忍者來說，"根部"只是一個流傳於人們之間的傳說罷了。
卡卡西，這個被譽為木葉村絕世天才的年輕忍者，如今已經成為一名隊長，他的名字在整個忍界都熠熠生輝，如同一顆耀眼的明星，散發著令人難以企及的光芒。
但即使是如此天才的他，對"根部"的認識也只限於那些模糊不清的傳聞。
然而，命運的齒輪開始悄悄轉動，就在一次看似平常的任務中，在那次任務接近尾聲的時候，卡卡西無意間發現了"根部"基地的一絲蹤跡。
此時，他的目光牢牢地鎖住了那扇通向未知黑暗的門扉，彷彿在那深處藏有無盡的秘密等待著他去探索。
卡卡西的內心裡的憤怒和理智在其中不斷交鋒，此消彼長。
理智告訴他，僅憑個人力量去刺殺團藏簡直就是飛蛾撲火、自尋死路。
但是，情感卻讓他無法平靜，當他站在光希的床前時，看到那個曾經充滿活力和希望的人現在變得如此蒼白虛弱，他的心像被千萬只螞蟻啃噬