萬曆48年3月。
萬曆皇帝雖然食用了千年人參進補，但對於王春夏、王秋冬、浩善、哲哲四人的寵愛毫無節制，一進一出兩相抵消，只有累死的牛沒有耕壞的田。加上長期缺乏鍛鍊、酒色無節，遼東慘敗，國事困擾，終於病重不起。
萬曆皇帝病重，本應召朱常洛入御榻前伺候藥膳。但由於鄭貴妃從中作梗，朱常洛竟不得與萬曆皇帝相見。
楊漣四處奔走，派人聯絡王安，要他讓朱常洛爭取接近萬曆皇帝的機會，防止鄭貴妃假傳聖旨，禍亂朝政。
楊漣又聯合科道言官敦促方從哲率百官赴乾清宮問安，以示朝臣之力。方從哲懼怕鄭貴妃遷怒於他，百般推諉。
在楊漣的一再逼迫下，方從哲被迫率百官赴乾清宮一日三問。
朱由校帶著朱由檢、朱徽妍、朱徽婧、朱徽媞每日前往乾清宮探望萬曆皇帝，開始每日還能夠陪伴在萬曆皇帝身邊。
但隨著萬曆皇帝病情加重，鄭貴妃、黃鈞庭開始從中作梗，再也無法相見。朱由校也只好每日都去一次，碰碰運氣，但一直無法得見。
王春夏、王秋冬從乾清宮傳出訊息，乾清宮基本被鄭貴妃、黃均庭控制，連王春夏、王秋冬、浩善、哲哲四人也處於半軟禁的處境。
皇宮內暗流湧動、局勢大變。每個人都各懷心思。朱常洛一定最盼望萬曆皇帝早點上天。
朱由校沒有了萬曆皇帝的庇護，頓時感覺危機四伏。
朱由校安排長孫衛隊情報司加強情報工作。
長孫衛隊情報司經過一年多的發展，秘密培養了大量的間諜情報人才，滲透到大明的各個階層，時刻收集著政治、軍事、經濟情報。
內廷二十四衙門、東廠、錦衣衛、四衛營、勇士營、京師三大營、五城兵馬司、九邊十三鎮、六部九卿、總督、巡撫等封疆大吏身邊都安插了潛伏人員。
正三品以上文武官員都在情報司的秘密關注中，藩王、國公也不例外。特別是御史言官被秘密監視，並收集掌握其違法犯罪證據。
蒙古、女真、朝鮮、日本、西域、藏區、西亞、中南半島、南亞各國也派出了大量的情報人員。情報司的經費投入相當巨大。
通訊司的情報傳遞已經在全國形成成熟的體系，情報傳遞快速高效。軍用信鴿傳遞起到非常大的作用。各方面的情報源源不斷的快速彙集到朱由校手上，得以讓朱由校輕鬆的運籌帷幄，應對各方面的陰謀詭計。
萬曆48年4月。
中華銀行各府級支行安保隊抽調的1200名隊員，距離最遠的也執行了一次武裝押送進京的任務回到各自駐地，開始執行第二次任務。
透過長途武裝押送，進行長途拉練，安保隊的行軍能力、機動能力得到飛速提升。
朱由校在東安門長孫衛隊營房內籌建了一處大型庫房，陸續進出貨幣糧食等物資。大量的運輸人員在東安門長孫衛隊營房進進出出，逐漸形成常態。讓外界逐漸對東安門長孫衛隊營房的動靜形成習慣，不會因此大驚小怪、過分解讀。
李若璉奉命經常邀約錦衣衛北鎮撫司指揮使駱思恭、指揮同知許浩然、劉僑，指揮僉事王應元、楊汝敏、李不矜、周應乾，鎮撫使田爾耕、許顯純、崔應元、楊寰等官員喝酒打牌，將關係打得火熱。
曹化淳奉命經常邀約御馬監掌印太監高寀、監督太監高淮、提督太監楊榮、監官陳增、掌司陳奉等人喝酒打牌，拉近關係。
萬曆48年4月初6。
王皇后去世，內宮無主。
萬曆皇帝病重，鄭貴妃蠢蠢欲動，想做皇后的心思越來越熱切。朱由校按照慣例，默默的為王皇后守孝，密切的關注著宮裡宮外的動靜。
萬曆皇帝在病重的情