探險隊的英勇事蹟在聯盟內傳頌，激勵著每一位成員。然而，宇宙的平靜只是暫時的，新的危機如同暗流般在暗處湧動。
在探險隊繼續探索的過程中，他們發現了一系列奇怪的現象。在某個星系邊緣，時空似乎出現了扭曲，周圍的星辰閃爍著詭異的光芒。探險隊靠近觀察，發現這種扭曲並非自然現象，而是一種人為設定的能量場。經過分析，這很可能是敵人餘黨或者其他未知勢力的傑作，目的是隱藏某些不可告人的秘密。
與此同時，聯盟總部在研究從敵人據點獲取的黑暗能量資訊時遇到了難題。這種黑暗能量與宇宙中已知的能量形式完全不同，它具有極強的腐蝕性，對現有的研究裝置造成了嚴重破壞。科學家們不得不重新設計研究方案，尋找能夠抵抗黑暗能量侵蝕的材料和方法。神秘學專家則在古老文獻中繼續挖掘線索，他們發現了一些關於宇宙早期文明封印黑暗力量的模糊記載，但具體的方法和位置仍不明確。
聯盟的重建工作在各個友好文明的幫助下有序進行。主遺蹟的修復工作已經完成了一大半，其曾經受損的能量防護系統得到了加強，不僅能夠抵禦更強大的外部攻擊，還具備了一定的自我修復能力。各個據點和星球也逐漸恢復生機，人們在重建家園的同時，積極參與聯盟組織的防禦訓練，增強自身的安全意識。
為了應對新出現的時空扭曲現象，聯盟決定派遣一支由物理學家和空間技術專家組成的小隊前往調查。這支小隊乘坐著一艘配備了最先進時空探測裝置的飛船出發了。當他們接近時空扭曲區域時，飛船的導航系統開始出現紊亂，各種儀器的資料變得雜亂無章。隊員們憑藉著豐富的經驗和手動操作技巧，艱難地維持著飛船的穩定。
在靠近扭曲核心的地方，他們發現了一艘巨大的神秘飛船。這艘飛船的外形古老而奇特，船身上刻滿了奇怪的紋路和符號，與之前發現的金屬板上的符號有相似之處。飛船周圍環繞著強大的能量場，正是這個能量場導致了時空的扭曲。小隊成員嘗試與神秘飛船建立聯絡，但沒有得到任何回應。他們決定冒險派出一艘小型探測器靠近神秘飛船，獲取更多資訊。
探測器在接近神秘飛船的過程中，遭遇了一系列的能量攻擊。這些攻擊似乎是某種自動防禦機制，但經過分析，這種攻擊的能量形式與黑暗能量有一定的關聯。探測器成功獲取了神秘飛船表面的部分掃描資料後返回，但在返回途中受到能量攻擊的影響，部分資料丟失。不過，僅從剩餘的資料中，專家們就發現了驚人的資訊：神秘飛船內部可能存在著控制時空的關鍵裝置，而且這種裝置與宇宙中古老文明的科技有關。
探險隊在另一個星系的探索也有了新的進展。他們發現了一處隱藏在小行星帶中的秘密基地。這個基地的入口被巧妙地偽裝起來，若不是探險隊的先進探測裝置，很難發現它的存在。進入基地後，他們發現這裡存放著大量的神秘物品和檔案，其中一些檔案似乎是敵人的行動計劃記錄。然而，這些檔案使用了一種複雜的加密方式，探險隊的科學家們開始嘗試破解。
在基地的深處，他們還發現了一個實驗室，裡面有一些正在進行的實驗裝置。這些裝置似乎在研究如何將黑暗能量與其他能量形式融合，創造出更強大的武器。探險隊意識到這個基地的危險性，他們必須儘快組織這些實驗，並獲取所有有用的資訊。但就在此時，基地的警報系統被觸發，敵人的增援部隊迅速趕來。
探險隊與敵人在基地內展開了一場激烈的戰鬥。敵人的新型武器威力巨大，探險隊的護盾在攻擊下不斷閃爍。戰鬥中，探險隊的隊員們緊密合作，戰鬥高手們衝鋒在前，為科學家和神秘學專家爭取時間。神秘學專家利用他們對黑暗能量的瞭解，找到了一種暫時干擾敵人武器能量供應的方法，為探險隊贏得了一絲喘息