完善的慈善組織與制度建設為閩南慈善事業提供有力保障。閩南地區擁有眾多專業慈善組織，如紅十字會、慈善總會、各類基金會等。這些慈善組織在慈善專案運作、資金管理與志願者組織等方面經驗豐富、專業能力強。它們建立健全內部管理制度，包括專案審批、資金籌集與使用、人員管理等，確保慈善活動規範有序開展。同時，慈善組織間加強合作與交流，形成資源共享、優勢互補的良好局面。如在一些大型慈善專案中，不同慈善組織聯合行動，共同籌集資金、制定專案方案與組織實施，提升慈善專案的實施效果與影響力。
然而，閩南慈善事業在發展過程中也面臨挑戰與問題。
首先，慈善資源分配不均衡問題較為突出。地域上，城市慈善資源豐富，而農村與偏遠山區慈善資源匱乏。城市慈善組織與專案較多，能吸引更多資金與物資捐贈，而農村地區因交通不便、資訊不暢等原因，難以獲得足夠慈善支援。在受助物件方面，知名度高、影響力大的慈善專案易獲關注與捐贈，而小眾、特殊需求的慈善專案則面臨資金短缺。如針對罕見病患者的救助專案，因患者數量少、社會關注度低，難以籌集足夠資金支援患者治療與康復。
其次，慈善組織的專業能力與公信力有待提升。雖然閩南地區有不少專業慈善組織，但仍有部分慈善組織在專案管理、資金運作與志願者組織等方面存在不足。部分慈善組織缺乏專業專案評估與管理人才，導致專案實施效果不理想；部分慈善組織在資金管理上透明度不足，財務制度不健全，引發公眾對慈善組織公信力的質疑。如個別慈善組織曾曝出資金挪用、賬目不清等問題，不僅損害自身聲譽，也對閩南慈善事業形象造成負面影響。
再者，慈善文化的傳播與普及需加強。雖然閩南地區慈善傳統深厚，但現代社會中仍有部分人對慈善事業缺乏正確認識與理解。有人認為慈善只是富人的事，與自己無關；還有人參與慈善活動出於功利目的，如提升企業形象或個人知名度等。此外，慈善教育在學校教育與社會教育體系中尚未得到足夠重視，導致青少年對慈善文化的認知與傳承不足。
為推動閩南慈善事業持續健康發展，需採取一系列措施