瞬間移動，把小智也不知道帶到什麼地方去。
小智睜眼一看，已經不在萬米高空，而是在一個實驗室裡面，一旁的夢幻則是開始到處玩耍。
小智開始四處觀望，忽然，他看到了牆上有一些實驗報告，拿起來一看，全是關於超夢的實驗以及夢幻精英以及化石睫毛，還有如何克隆。
小智只仔細看著這些報告說道：“看來有人在這裡進行過非法克隆實驗，那超夢應該就是在這裡誕生的。”
不然機器開始發動了響聲，小智扭頭一看，只見每一個機器上面都插著一根巨大的綠色管子。
裡面滿也不知道有什麼液體，機器中一個個寶可夢和當初超夢使用的那些克隆神奇寶貝身上的條紋一模一樣。
小智忽然腦海一疼，“我想起來了，我全部都想起來。小智全記憶，此時此刻開始復甦。
他明白了，超夢痛苦的根源到底是什麼了？這裡就是超夢誕生的地方，而這些實驗機器就是當初把超夢克隆出來的，以及為什麼超夢要在痛苦之地上在這裡居住了。
當初板木把它製造出來，進行了哄騙，讓它為自己而戰，根本就不明白什麼是自由，只能無盡的被關在冰冷的機器液體之中。
這就是導致它逐漸黑化，開始踏上要利用神奇寶貝來報復人類的道路。
此時，在上空中玩耍的夢幻也回來了，衝著小智點了點頭，這就是它為什麼要一直跟著小智，以及把他帶到這裡的原因。
此時，夢幻開始使用了精神強念，將這一臺臺機器都開始破壞，將裡面的黑暗球扔了出來，此時，小智來到機器的按鈕面前，點開了自爆模式。
小智瞬間跑遠了一點，只聽到一聲“砰”的聲音，所有機器都開始四分五裂的炸開，沒有一臺完整的，而夢幻使用了守住，擋下了這波衝擊。
一地的黑暗球開始釋放出來，小智他們的寶可夢以及他們認識眾人的同伴寶可夢。
小智上前幫助他們一個個的放了出來，再一個個的砸壞這些黑暗球。
“皮卡皮”從黑暗球裡放出來的皮卡丘飛奔向小智撲到了他的懷裡。
小智緊緊抱著皮卡丘說道：“皮卡丘，還能看到你，實在是太好了，讓我們去阻止它們吧。”
此時，小智站了起來，看到後面那些寶可夢全部都恢復了意識，然後徑直的向大門側壁走去。
“噴火龍使用百萬噸拳擊，把這扇牆壁給開啟。”
而在大廳裡的超夢對著眾人說：“人類，我對你們的性命沒什麼興趣，現在就離開吧，當然，你們要有本事穿越風暴。”話音剛落，超夢就把大門開啟了。
而在大門另一邊的牆壁開始炸裂開來，走出了無數只神奇寶貝。
小霞，看到小智沒事化悲傷為驚喜的撲了到小智懷，“小智，你沒事實在是太好了，讓我們擔心死。”
眾人看到這一幕，都感覺到威風凜凜，噴火龍更是仰天大吼，宣誓著自己的歸來，而可達鴨卻直接絆倒了。
小霞頓時感覺十分丟臉，在這麼重要的名場面，你卻直接絆倒丟臉。
但眾人也來不及看可達鴨的醜相，訓練家們跑去和自己的神奇寶貝相認，小霞則是看著小智發現，小智根本就沒有受到傷害後，也就鬆了口氣。
小智則給了小霞和小剛一個眼神，然後徑直的朝著超夢走去，而一旁的夢幻也已經跟了過來。
“超夢，你痛苦的根源已經被我毀掉了，你現在已經徹底的自由。”
超夢疑惑的問道：“你都做了些什麼？“
小智指指了指地下說道：“那些將你克隆出來的機器，我已經幫你全部毀滅了。”
“什麼？”超夢一臉不可置信的看著。
小智則語