祖哲壽拒絕皇太極的招降後，後金軍惱羞成怒。
皇太極整頓兵馬，開始日夜不停地使用火炮和盾車前來攻打，大淩河城內可戰之兵只有一萬多，卻要面對數倍於己的敵軍進攻。
火炮的轟鳴和弓箭的控絃聲不絕於耳，士兵哀嚎和吶喊也令人膽寒。
後金兵中的漢軍為了表忠心，架起雲梯就往城牆進攻。
守軍也不放銃，等到雲梯靠近將裹著火藥的棉被等物體引燃後丟入人群和雲梯，火焰迅速就將一切吞噬，被點燃的人哭喊著掙扎而死。
祖哲壽計程車兵很多都是遼東本地漢人，與後金有著不共戴天之仇，野戰拿對方沒辦法，可有城池的依仗，就表現出了極強的勇氣。
一滿洲將軍一馬當先，著三層棉甲，帶三把刀，一躍登上城牆，正欲大殺四方，被五六個士兵圍住，用長槍刺成了血人，割掉頭顱懸在城牆之上。
登上城垛剛看了一眼城內的後金士兵還沒來得及思考，就被明軍用亂刀砍下城去。
久攻不下之間，就連平時悍勇無敵的滿洲士兵也漸漸生起膽怯，陣線開始後移。
祖哲壽見此場景，抬起令旗大喊一聲：
“開炮！”
城上的紅夷大炮和各式火炮齊齊發射，糜爛數百米，將城下密密麻麻的後金軍隊打得瞬間崩潰，哭喊著退卻而去。
……
打退了後金軍的進攻，祖哲壽連忙清點傷亡，連續幾天的攻防，士兵傷亡慘重。
更讓其心裡發慌的是，城裡糧食已經不多了。
“早日突圍！”
這四個字在祖哲壽心中不知響起過多少次了。
可數次趕來的援軍都被後金軍隊擊潰，使得祖哲壽越來越感到絕望。
這一天，後金軍攻城又沒得手，於是心生一計。
皇太極命令士兵換成明軍的衣甲，這些漢人組成的後金兵們穿上明軍將士的衣甲打著明軍的旗幟，高喊著各種口號，假意殺向了金兵大營。
祖哲壽在城頭一看，喜出望外，立即命令將佐帶上士兵，親自率兵衝了出來，想著裡應外合，突出重圍。
可剛開啟城門殺出城，一路搏殺就要與援軍匯合時，這些援軍突然脫去衣甲，變成了後金兵的裝束，全都吶喊著奔他而來。
祖哲壽大驚失色，這才知道上了皇太極的誘敵之計，急忙後撤。
但他此時已陷入後金兵的重重包圍中，在平時厚養的親兵死戰下，這才狼狽地逃回城中。
自此以後，祖哲壽再也不敢貿然出城，苦苦在城內堅守。
之後的幾天，後金軍輪番攻打，各種手段層出不窮，可在滿城軍民的頑強抵抗下，硬是連城池的邊都沒有摸到。
這一天，後金軍的使者又來勸降，只是語氣由原來的恭敬換成了強硬。
“我大金兵已得召喚鬼神之法！我知人命可貴，爾等速速投降！可免滿城百姓身死。”
聽到這話，祖哲壽有些詫異，前幾日皇太極還在寫信懺悔自己之前在遼東縱兵屠戮百姓實在不應該，保證投降後不傷百姓和軍人性命，可為何今日又來和自己說什麼鬼神之法。
“使者，我們都是刀口舔血的軍人，鬼神之事自然是嚇不倒我們的，你請回，要戰便戰。”
“哼！那就讓爾等嚐嚐地獄的滋味！”
使者走後，幾天沒有訊息，後金軍隊也沒有大規模的進攻。
可糧草漸漸斷絕成了軍民最大的問題。
大淩河城已被圍困了快五十天了，城中早已斷糧，城裡先是殺戰馬食用馬肉，馬殺光了之後，開始吃人。
一開始是吃手無寸鐵的築城民夫和餓死計程車兵，一時間，城內用人骨頭當柴燒，把人肉割下來