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11月25日，中俄兩國都表示願意派遣調查人員幫助調查所有事件的真相。但是克羅埃西亞拒絕了中俄的幫助，因為他們認為中俄實際上是站在新歐洲聯盟這邊的，對調查的公平xìng有不良影響。最後接受了南非派出的調查官來調查事件的真相。
1月27日，南非調查官遞交了完整的調查結果，其中包括了數次南斯拉夫籍軍人對克羅埃西亞平民的屠殺，強jiān，縱火等事件，而新歐洲聯盟軍隊的別國籍軍官並沒阻止南斯拉夫軍人的行動，數次在知道實情後還幫助南斯拉夫軍人隱瞞事情。這一調查結果馬上就受到了新歐洲聯盟的職責，並且表示新歐洲聯盟的軍官不會是這種人。但是在事實與證據面前，那些當事軍官都承認曾經幫助南斯拉夫軍人隱瞞事情。世界再次被震驚了。最後新歐洲聯盟表示將不繼續審理這一案件，將交到設在瑞士的中立國法庭來審理，這也是對克羅埃西亞的讓步，制止克羅埃西亞已經膨脹的民族情緒繼續升溫。
年後2月14日，在瑞士的中立法庭結束了案件的審理，宣佈當事的80名南斯拉夫軍人中的15人有嚴重罪行，其中10人被判處死刑，5人無期徒刑，另外還有35人是輕度罪行，分別被判了20年到2年的徒刑。剩下的40人被宣佈無罪釋放。而新歐洲聯盟軍團在這一事件中負有不可推卸的責任，被判向克羅埃西亞受害者賠償高大50億新歐元的賠款。瑞士法庭的判決雖然滿足了克羅埃西亞的要求，但是卻不能被南斯拉夫所接受。
2月20日，南斯拉夫爆發了更大的新聞，南斯拉夫揭lù了克羅埃西亞游擊隊在南斯拉夫境內所犯下的暴行，當然，同時提供了詳細的證據，並有人證！而克羅埃西亞政府表示這並不是克羅埃西亞政府的行為，克羅埃西亞並不會負責。
2月25日，南斯拉夫把克羅埃西亞游擊隊的罪行提交瑞士的國際法庭，要求對克羅埃西亞審判，但因為這並不是克羅埃西亞政府行為，所以瑞士國際法庭表示只可以對那些游擊隊員進行審判，而不應對克羅埃西亞有所指責。但是這些證據並不能證明是哪支游擊隊，哪個游擊隊員乾的，所以並沒有多少法律上的效力。南斯拉夫對他受到的不公平待遇表示了嚴重的抗議。
3月5日，南斯拉夫的敵後游擊隊在克羅埃西亞境內開始了大規模的破壞活動。克羅埃西亞遭受了嚴重的打擊與損失，這主要是發生在邊遠地區，克羅埃西亞政府軍根本拿這些來去無蹤的游擊隊沒有絲毫辦法。而對這些游擊隊進行追擊時，到達南克邊境的時候總會受到新歐洲聯盟軍隊的阻攔，而放跑了南斯拉夫游擊隊。
4月20日，克羅埃西亞表示新歐洲聯盟軍隊是在幫南斯拉夫游擊隊對付克羅埃西亞，要求新歐洲聯盟軍隊撤離克羅埃西亞，不然對新歐洲聯盟軍隊的安全不負任何責任。
4月21日，新歐洲聯盟表示，他們的軍隊並沒有幫助南斯拉夫游擊隊進行對克羅埃西亞的打擊報復行動，只是在維護邊境地區的安全與穩定。而新歐洲聯盟軍隊並不怕克羅埃西亞的威脅，而將在南克邊境繼續執行任務。同時宣佈在南克邊境的新歐洲聯盟軍隊將增加到25000人。
5月5日，一支200人的新歐洲聯盟軍隊的巡邏隊在克羅埃西亞境內距離南克邊境線5公里的地方受到克羅埃西亞游擊隊的襲擊，新歐洲聯盟軍隊的巡邏隊在救援部隊的支援下，打退了克羅埃西亞游擊隊的襲擊，雖然擊斃了多達30名的游擊隊員，但自己也死亡12人，受傷50多人，2輛裝甲車被擊毀。到5月底，一共有多達16支的新歐洲聯盟軍隊的巡邏隊遭到了克羅埃西亞游擊隊的襲擊。
6月1日，新歐洲聯盟就自己巡邏隊遭受克羅埃西亞游擊隊襲擊的事件發表了宣告，表示如果克羅埃西亞不能控制好自己國內的人民的話，那麼新歐洲聯盟將“幫助”克羅地