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協議重新定義了兩個機構的關係，並“明確了兩個機構在美國本土和海外徵召和管理人力資源的職責”，協議的核心是許可權問題。
聯邦調查局官員同時解釋說：“如果有一名來自波札那的生化武器專家，我們知道他要訪問紐約，到底是中情局還是聯邦調查局前去把他收為己用呢？這個就是協議處理的事宜。它們都很明白誰應該在什麼地方做什麼，但它們想確保一切得到適當協調。這樣的話，如果中情局有一名反恐專家進入美國，它就能夠確保聯邦調查局不會將他逮捕。”
美國政府高階官員在對這項秘密協議進行審議之後，提交給國家情報局局長約翰·內格羅蓬特、中央情報局局長波特·戈斯和聯邦調查局局長羅伯特·米勒分別審查。
這表明，聯邦調查局將更多的工作重點放在了反恐工作上。
然而，隨之而來的是聯邦調查局面臨的另外一個棘手的問題就是高效翻譯人才的短缺。
據《華盛頓郵報》報道，在整個聯邦調查局系統中，雖然有超過1400多人能熟練使用一種外語開展調查工作。這些外語包括西班牙語、俄語、越南語、日語、朝鮮語和漢語（粵語）等等。不過，承擔諸如反恐怖等特殊領域任務的特工，首先必須是美國公民。其次他們還要經過嚴格的背景審查。因此，如果這些人在海外有親屬或者朋友就幾乎很難過關。
目前，美國聯邦調查局僅有6名特工能夠在政府推出的阿拉伯語言考試中取得“優良”的成績，但其中一個人最終由於出生地是埃及而被上司剝奪了參與偵破恐怖襲擊事件的權利。
由於缺乏翻譯人員，聯邦調查局很多時候要透過第三方來翻譯整理各種檔案，這樣就很難保持檔案內容的精確性。在這種情況下，很多用阿拉伯語撰寫的資訊根本無從被美國政府所掌握。有關方面透露，被關押在科羅拉多監獄內的三名外國恐怖分子已發出了90多封信件給自己遍佈各地的朋友，造成這種現象的原因是：美國當地監獄無法正確判讀上述信件中到底說了些什麼內容。針對上述被動現象，布什政府做出決定，將在美國中學和大學中增加“重要語言”的教學，以便能夠促進國家安全、外交、司法和情報蒐集等領域的工作。
除翻譯人手不夠外，根據美審計署公佈的報告顯示，美國有數千人被錯誤地列入恐怖分子及恐怖嫌疑分子名單，可笑的是一些名單當中竟然包括已去世的人。據悉，現在美國海關和邊境安全檢查機構、國務院以及地方執法部門每年要對數以百萬計的人進行篩查，列出恐怖分子或可疑人員的名單。因此，很多與恐怖分子同名同姓的人常常被錯誤地列進名單中，有的人被禁止登機和出入境，也有人隨之遭到搜查和盤問。自2003年12月到2006年1月，相關安全部門收到了數以萬計的疑似恐怖分子名單，其中確有一半都屬錯誤列入。
據聯邦調查局一名前特工不久前對媒體透露，在聯邦調查局列出的禁止登機人員名單中，竟然還有一些國家的總統以及已經去世的人，而許多真正的恐怖分子卻始終逍遙法外。面對如此尷尬的局面，美國土安全部部長邁克爾·切爾托夫在接受採訪時強調，上述名單並不完美，但仍然是加強美國民航安全體系的第一個步驟。這位政府官員還透露，美國已與歐盟達成一份重要協議，今後將要求航空公司提供從歐洲飛往美國的所有乘客的詳細資料，包括姓名、住址和信用卡號碼等等，此舉可以幫助安檢人員提高正確識別恐怖分子的能力。
此前，美國土安全部披露了一個頗為神秘的資料庫——全美可能遭受恐怖襲擊地點大全。最近幾年，有關方面就是根據在這個資料庫中記錄的重要目標名稱數量的變化，調整其為各個地區撥發的“反恐專項資金”數額。不過，日前公佈的審計報告卻顯示