曾國藩一方面假仁義表示要赦免李秀成，套取口供（他特別想知道太平軍所藏財寶的下落），一方面上書清帝，先斬後奏，通知說已經在當地處死李秀成：
日來在事文武皆請將李秀成檻送京師，即洋人戈登、雅妥瑪等來賀者，亦以忠逆解京為快。臣竊以為聖朝天威，滅此小丑，除僭號之洪秀全外，其餘皆可不必獻俘，陳玉成、石達開既有成例可援。且自來元惡解京，必須誘以甘言，許以不死，李秀成自知萬無可恕，在途或不食而死，或竄奪而逃，翻恐逃顯戮而貽巨患。臣與臣弟國荃熟商，意見相同。又李逆權術要結，頗得民心，城破後竄匿民房，鄉民憐而匿之。蕭孚泗生擒李逆之後，鄉民竟將親兵王三清捉而殺之，投諸水中，若代李逆發私憤者。李秀成既入囚籠，次日又擒偽松王陳德風到營，一見李逆，長跪請安。聞此二端，惡其民心之未去，黨羽之尚堅，既決計就地正法，以絕後患，遂於初六日行刑。其洪仁達一犯，系洪秀全之胞兄，與其長兄洪仁發，皆暴虐恣橫，多行不義，為李秀成所深恨，且如醉如疾，口稱天父不絕，無供可錄，因其抱病甚重，已於初四日先處死矣。
可見，用&ldo;老奸巨猾&rdo;形容曾國藩，再恰當不過。他在陽曆6月26日就已擬在當地處死李秀成，7月2日已經與其弟曾國荃和高階幕僚正式決定了殺人計劃，但他在7月5日親自審問李秀成時，仍舊裝出一副惜才愛才的樣子，一臉柔和，對李秀成表示他很賞識對方的才能，上書朝廷想赦免對方。李秀成不疑有詐，可能確實產生過僥倖活命的念頭，並想替清軍收拾太平軍餘部，所以他才在《自述》中極陳&ldo;善後&rdo;事宜。
李秀成真的怕死嗎？李秀成真的&ldo;動搖&rdo;了嗎？據筆者分析，李秀成絕未怕死過，但他對&ldo;太平天國&rdo;的信念在被俘後其實全然消散。對於太平天國和洪秀全本人，李秀成問心無愧，最危急時刻仍舊把好馬讓與幼天王騎行，已全盡愚忠。但他並未存有邪教徒那種至死不渝的盲從，其內心深處仍舊存有古代中國傳統文化中&ldo;各為其主&rdo;的基本道德觀。他曾經在蘇浙戰場大勝時優待被俘清官，優恤死節清官，遵循&ldo;兩方交兵，各扶其主。生與其為敵，死不與其為仇&rdo;的理念，甚至對敗亡之際內部叛降動搖的松王陳德風與納王郜永寬等人也寬縱為懷，表示了他的過於&ldo;寬容&rdo;的&ldo;理解&rdo;。所以，在李秀成身上，作為道德的個人的閃光點比比皆是。但是，在混亂年代，到處是卑汙的人，到處是自私自利的慾望之心，這註定了李秀成必然是悲劇結局。
當然，曾國藩對殺李秀成一事心中也有愧疚，他事前派幕僚李眉生相告。
聞言，忠王李秀成怡然曰：&ldo;中堂厚德，銘刻不忘。今世已誤，來生圖報！&rdo;沒有大罵，沒有乞饒，沒有抱怨，沒有憤恨。這種真正的坦蕩無私，這種真正的大仁大義，這種真正的欣然赴死，這種高尚的人格，使得大陰謀家曾國藩心中更感愧歉，下令對李秀成免於凌遲酷刑。大英雄李秀成終得砍頭快死，時年42歲。
忠王臨刑，曾賦絕命詞十句，趙烈文日記中認為&ldo;鄙俚可笑&rdo;，未記翔實內容。上世紀50年代曾有華僑提供其中一首，有&ldo;太平天日有餘光，莫把血肉供閻羅&rdo;之句，殊不與李秀成臨終時精神狀態相吻合，應該是偽造或誤傳。為此，筆者倒是更相信清末筆記中所載的李秀成《感事詩》，悲歌慷慨，豪氣滿胸：
湖上月明青箬笠，帳中霜冷赫連刀。
英雄自古披肝膽，志士何嘗惜羽毛。
我欲乘風歸去也，卿雲橫亙鬥牛高。
龔鼓軒軒動未休，關心楚尾與吳頭。