二年就裁併了，正德十三年又分，十六年又合。嘉靖三十六年因倭寇騷擾，又單設巡撫，以李遂充任。倭寇平息後，四十年又裁併。崇禎十四年又分設，直至明亡。
事實上，漕運總督的權力，還不止如此。它還有一些曾經有過的或者時不時兼任的頭銜：如兼管河道。明初剛設漕運總督時，還“兼管河道”，即兼管運河、黃河等河道的治理。後來有了專管河道的總督，就不再兼了，但是遇到河漕有了爭執，還是經常由漕督兼管河道。清代也是這樣，凡河道總督缺裁時，常由漕運總督兼任。
如兼理海防。這個職銜在明代，正是從楊一鵬開始的。崇禎六年他任漕運總督時，頭銜最後就是多了“兼理海防”四個字。崇禎八年他被逮治後，繼任者朱大典亦有之。崇禎十七年田仰任漕運總督時也有這一職銜。但是在清代，已成為一個固定的職責了。
說了這麼多，其實核心只有兩個字：難纏。
淮安府就是一個龐大的爛泥塘，張準一腳踏進去，後果很難預料。
現在的漕運總督兼鳳陽巡撫，就是楊一鵬。如果歷史沒有改變的話，明年正月，嗯，說錯了，是今年的正月，李自成、張獻忠等人就要攻佔鳳陽府，火燒皇覺寺，將朱元璋的龍興之地翻了個底朝天。楊一鵬和監軍太監都要被崇禎皇帝斬首。楊一鵬被處死以後，接管漕運總督的，正是山東巡撫朱大典。
由於有提督軍務的權力，目前的淮安府，明軍的數量，還是相當多的。楊一鵬的手上，除了衛所兵和戰兵之外，還有大量的漕丁。所謂的漕丁，就是保證漕運安全的兵丁，屬於漕運總督直接管轄的。因為漕運總督的手裡有錢，漕丁的裝備，要比一般的明軍好，戰鬥意志也要比一般的明軍強。漕丁是不可忽視的一支武裝力量。
在鎮江府的時候，張準的部隊就已經和漕丁發生了衝突，結果打死了幾十個的漕丁，連漕丁的把總都被打死了。加上炮轟南京城的先例在，這位楊一鵬楊總督，楊巡撫，顯然不會很待見張準。歷史記載，楊一鵬這個人，其實是一名非常優秀的地方大員，除了軍事能力太差之外，無論是在內政，又或者是人格方面的，都是首屈一指的。
楊一鵬，字大友，號昆岑，湖南臨湘云溪（今岳陽市云溪區）人，明神宗萬曆三十八年（0年）進士，初任成都司李。任內播州（今貴陽遵義）一帶出現動亂，朝廷欲調兵圍剿。楊主張採取安撫政策，結果未動一兵而使播州平定。
不久，一些在四川採辦皇木的差吏乘機敲詐地方百姓，致使民怨四起。楊一鵬聞訊後，立即命令統一價格，不許亂派，毫不留情地打擊不法行為，狠狠的殺了幾個為非作歹的官員，贏得了四川百姓的信賴。
嘿嘿，要是他來負責打擊今天的房價……
由於在四川政績顯著，楊一鵬很快被升為吏部郎中。他執政掌權，量才授官，謝絕謀私慾圖進身之人，又升任大理寺丞。楊一鵬的行為使貪官汙吏恨之切齒。一貫陷害忠良的魏忠賢，結黨陷害他，後來魏忠賢被誅，朝廷更加信任楊一鵬，稱他才高德厚，授為兵部左右侍郎，署尚書事。
楊一鵬不懼權勢，冒死直諫，寫有《直陳朝政疏》，檢查官員中一些**行為。崇禎年間，襄城長官李守錡虛報兵額，貪汙軍餉，楊憤怒以對，上書彈劾。崇禎因此又升他為戶部尚書，總督漕運，兼巡撫鳳陽。崇禎八年農民起義軍攻克鳳陽，焚燬了皇陵，皇上震怒。李守錡等趁機上書，告楊一鵬瀆職。結果，崇禎下令將楊一鵬處斬。
楊一鵬的死，對於朝廷來說，絕對是大損失。此人除了軍事能力不強，不善於應付戰爭之外，其他各方面，都可以作為官員的楷模。後世的人，只知道盧象升，只知道孫傳庭，卻不知道楊一鵬，實在是令人遺憾。他執政過的所有地方，百姓都獲得了好處。