須在《通鑑學》雲：“《春秋》之意，最重名分，名分所在，一字不能相假，封建之世，以此為綱維。名分既壞，則綱維以絕，政權崩潰，恆必由之。溫公以此事兆東周之衰，與七國之分立，而又系論以見託始之意。”
可見司馬光本人的思想並沒有跨越時代，故其論述沒有太大價值。例如：司馬炎因守三年之喪被司馬光稱讚是“不世之賢君”。事實上，司馬炎在中國歷史上並不能與唐太宗，漢武帝等相提並論。
此外《資治通鑑》雖被譽為“體例嚴謹，脈絡清晰，網羅宏大，體大思精，史料充實，考證稽詳，敘事詳明，繁簡得宜”，但《資治通鑑》本身也有不少錯誤。
如後世的史家嚴耕望曾指出《資治通鑑》對雲臺二十八將的排列順序有誤；兩《唐書》將“特勤”誤為“特勒”，《資治通鑑》對此並無糾正，將錯就錯，《資治通鑑》卷一64：“土門自號伊利可汗，號其妻為可賀敦，子弟謂之特勒。”
《通鑑考異》：“諸書或作特勤，今從劉昫《舊唐書》及宋祁《新唐書》。”
另外《後出師表》並非出自諸葛亮文筆，而《資治通鑑》卻也全文照錄。
高安陳汝奇在《陳氏甘露園長書四論》認為《資治通鑑》將只見諸野史的楊貴妃、安祿山之事納之正史而失之客觀。又如唐代宦官魚弘志，《新唐書》仇士良傳作“魚弘志”，《舊唐書》偶有誤為“魚志弘”，《資治通鑑》卷245大和九年十一月壬戍作魚志弘，《資治通鑑》卷246作開成五年正月己卯又作魚弘志，相互混淆。
《晉書》載呂光的第一個年號“太安”，而《資治通鑑》記載為“大安”。
再如《資治通鑑》記年方式多有不當之處，如齊人伐燕的時間（前313年），司馬光舍《史記》的編年，未據《紀年》詳加考查，只增加齊威王十年，減少齊湣王十年，以求與《孟子》記載齊宣王伐燕的事蹟相同，宋朝朱熹經考訂認為是齊湣王十年，據今人考證，實際上為齊宣王七年，另樂毅伐齊中也有不少錯誤。
又如《資治通鑑》在記述隋煬帝西巡行程中均出現諸多失誤，六月二十三日以後由張掖前往焉支山的時間提前到高昌王六月十七日到達張掖的當天。《通鑑》卷十五（漢紀七）文帝后二年：“八月，戊戌，丞相張蒼免。”但據《二十史朔閏表》文帝后二年八月丁卯朔，月內無戊戌。後人吳玉貴著有《資治通鑑疑年錄》歸納出《通鑑》紀時所發生錯誤，共計得出八百八十八例，可補此方面的缺失。
宋朝的朱熹在《朱子語類》的〈歷代一〉中，有直接的批評：“溫公不喜權謀，至修書時頗刪之，奈當時有此事何？只得與他存在。若每處刪去數行，只讀著都無血脈意思，何如存之，卻別作論說以斷之。”又說：“溫公修書，凡與己意不合者，即節去之，不知他人之意不如此。《通鑑》之類多矣。”
明代嚴衍熟讀《資治通鑑》，著有《資治通鑑補》，列舉通鑑有七病（漏、復、紊、雜、誤、執、誣）。
近人岑仲勉認為《通鑑》對牛僧孺說”失一維州，無害其強“的評價有偏頗之嫌，司馬光還不惜歪曲事實，玩弄文字遊戲。岑仲勉還寫有《通鑑隋唐紀比事質疑》，自稱糾正《通鑑》的謬誤，共670餘條。
但是無論如何《資治通鑑》在文學上和政治上的意義卻是不容抹殺的，司馬光也曾為這部史書耗盡心血，以致在《進資治通鑑表》中說：“臣今筋骨癯瘁，目視昏近，齒牙無幾，神識衰耗，目前所謂，旋踵而忘。臣之精力，盡於此書。”
司馬光為此書付出畢生精力，成書不到2年，他便積勞而逝。《資治通鑑》從發凡起例至刪削定稿，司馬光實都親自動筆，不假他人之手。清代學者王鳴盛說：“此天地間必不可無之書，亦學者必不可不讀之書。