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鄭克臧預計在未來兩年內將臺江隊的職責移交給淡水隊，在移交職責及部分艦船的同時，臺江隊將逐漸接收新建的夾板船，使之成為與打狗隊一樣的遠航艦隊。等臺江隊完成換裝之後，鄭克臧還將再陸續為鹿港、澎湖兩隊換裝，最終鄭軍水師將實現主力夾板船化，只保留淡水隊作為一支己訓練、實踐一體的混合艦隊。
由於在淡水隊完成換裝之前，明鄭無力把太多的力量投放到大陸，為了防止清軍可能的反撲，所以陸師的整編也刻不容緩。為此，鄭克臧首先宣佈以童子營為幼武學，並以童子營的模式組織了武學。今後幼武學提供下級武官，而武學則負責普通士卒晉升武官的教訓以及武官的進階強化教學任務。
武學的設立讓鄭克臧有名義將大量的原鄭軍中級將領調入學習或是充任教習，再加上之前將黃良弼、徐青等鎮將轉入文途，原本對鄭克臧不服帖的原鄭軍各大軍頭已經不復存在了，所以鄭克臧得以進行下一階段的軍事改革。
永曆三十七年十一月初一，鄭克臧正式下令將鄭軍原來各鎮的名號統統取消，至於鎮將、總兵、副將、監督、監理、協將等官位也一併開缺。隨後，鄭克臧又對童子軍的體制進行改良，以此重新組建了左右武衛、左右虎衛、左右勇衛等六師。
所謂“師”，並非鄭克臧依據方明的記憶在杜撰一個編制，要知道在《易經？？師卦注》中有“多以軍為名，次以師為名，少以旅為名”一說，《疏》中也有“春秋之時，雖累萬之眾，皆稱師”的註釋，《周禮？？地官？？小司徒》中有“五人為伍，五伍為兩，四兩為卒，五卒為旅，五旅為師”的明確編制，東漢許慎在《說文》更明確指出“師，二千五百人為師”。
當然鄭克臧的編制要略大一些，他以一個師轄三個團，每個團轄六個哨。說到“團”，其實就原來的標，早在西魏、北周時，當時的軍隊就以“團”作為一級組織，不過當時並沒有明確的標準說一團應該有多少兵馬，到了隋代，曾以一百人為一隊，步兵二十隊為一團，騎兵十隊為團，而唐朝府兵制度中每團的兵力被明確為三百人，鄭克臧的團則相對接近隋制。至於“哨”則是原來的“營”，唐制營通常轄兩到三個團，為了不讓人誤會上下級之間的關係，因此鄭克臧才特意把“營”換成了“哨”。
新的編制表裡哨的建制基本不便，每哨下轄五十人的刀盾、火銃、長矛各一隊，另外還有直屬的輜兵班、令兵組各一，正六品承信校尉銜的哨官、從六品忠顯校尉銜的副哨官、正七品忠武校尉銜的哨參軍、從七品護軍校尉銜的哨監察各一員，此外還有哨旗手、哨鼓手各一，火兵三人，如此全哨合計一百八十人。
一團六哨，其中四哨是戰鬥兵，另外兩哨分別是炮軍哨和輜兵哨。炮軍每哨裝備三寸炮三門，二寸炮六門，火力比原來“標”一級中只有三門二寸炮要強了數倍。除了這六哨之外，每團還有令兵一班，正四品飛騎尉銜的團統制、從四品雲騎尉銜的團副統制、正五品武騎尉銜的團參軍長各一員，正六品承信校尉銜至從七品護軍校尉銜的團參軍若干員，從五品昭信校尉銜及從六品忠顯校尉銜的團監軍各一員，再加上團旗護衛班、團中軍醫郎中等，全團共計官兵一千一百二十員。
每師除了上述三團以外，還有直屬的騎軍哨、三寸半（12磅）炮軍哨、輜兵哨以及配置板甲或瘊子甲的跳蕩哨及中壘（工兵）各一哨，再加上正二品副將軍銜的師都統制、從二品輕車都尉的