多少年來，殖民地已習慣於自己的商業貿易由英國政府管理，為宗主國提供工業原料和製造業產品的市場，滿足於節儉的生活。1764年以前，英國政府已向殖民地對非英國進口的商品徵收新關稅，禁止殖民地和其他國家甚至禁止殖民地之間的貿易往來。食糖條例的頒佈斷絕了西印度群島和英屬北美殖民地的貿易，使得殖民地人民沒有足夠的糖漿釀製糖酒，而糖酒是殖民地人民的主要飲料，是他們用以交換印第安人的皮貨、非洲的奴隸和英國的製造業產品的主要貨物。殖民地的整個經濟生活因該項法案的實施而大遭阻挫。而這一切都是為了英國甘蔗種植園主的利益。而對殖民地人民來說，印花稅的徵收意味著更嚴重的傷害。它不僅是要從殖民地搜刮鉅額錢財，更是侵犯了殖民地的權利，殖民地人民絕不能容忍。
弗吉尼亞率先抵制實施印花稅法案。該州議會的決議在波士頓用更加激烈的措辭重印出來，散發到殖民地各處，像警鐘一樣傳遍了從哈利法克斯到聖奧古斯丁的北美殖民地，驚醒了那些尚未奮起的人。各州議會的抗議或許還有所剋制，普通民眾則直言不諱。當麻薩諸塞的州議會於10月份在紐約召集州際代表大會時，各殖民地的成幫結夥的普通老百姓已在組織起來，自稱“自由之子”——巴雷上校在英國國會對他們的稱呼。
9個殖民地向代表大會派了代表，在這次會上，各殖民地達成一致的程度超過了11年前奧爾巴尼會議，殖民地已空前地團結起來。8月，印花稅徵稅官的姓名在殖民地公佈，從紐漢普什爾到南卡羅來納的殖民地人民揭竿而起。波士頓的反抗運動最為猛烈，富蘭克林的朋友賓夕法尼亞的休斯和康涅狄格的英格索爾都受到了起義者的威脅，被迫辭職。在法案行將實施之際，殖民地的大地上已沒有一名執行它的官吏；印花運到了，卻沒有什麼人使用它。商業在不貼印花的情況下繼續著，或根本不再進行；殖民地人民還準備恢復被英國政府禁止的製造業；人們為了抗議這項法案，廣泛抵制英貨；商人停止進口英國貨，已經訂了貨的也停止償付貨款。債主們坐立不安，不少人失去工作，社會動亂不安。
在費城，富蘭克林的政敵對他大肆攻訐，四出散佈流言，說是他促成了印花稅法案的透過，並從中獲利；是他給他的同胞設下了圈套。對富蘭克林來說，這是比賓一夥更為危險的政敵。一些受到煽動的起義者揚言要燒掉富蘭克林的新住宅。威廉·富蘭克林聞訊後，匆匆忙忙地從伯林頓趕到費城，勸母親和妹妹到他那裡避避風頭。黛博勒只讓薩拉去了，自己不願離去。她的一個弟弟和她丈夫的一個侄兒搬來陪她同住，她讓他們帶了槍來。她知道她沒有傷害任何人，她丈夫也沒有；她也相信萬一有什麼麻煩，她的朋友會比敵人多。
訊息在1765年下半年傳到英國，英國為之震動。由於這場廣泛的反抗和抵制，英美之間的貿易急劇減少達半數。經濟利益受到損失的英國製造商、大商人、船主、商販開始加入到殖民地人民反對印花稅法案的行列中去。
富蘭克林也震驚了，但不是為了自己。他讀了黛博勒的來信，信中寫著：“我們把一間屋子變成了火藥庫，我吩咐在樓上築了些工事。這麼一來，我自己能對付。”對此，富蘭克林苦澀地笑了。妻子的剛強使他感到欣慰，卻仍不免擔心。至於那些對他自己的中傷，他於7月8日在寫給朋友的信中是這樣說的：“他們所有的箭矢，正如拉伯雷①所說的，箭頭是用陽光下的奶油做的。”他為之震驚的是構成英帝國整體的殖民地同宗主國的分裂。他發現自己力圖將這兩個部分拉到一起，而同時被這兩個部分猜疑：英國政府視之為代表殖民地說話的使者；殖民地則認為他親英。實際上，如果要他選擇，他會毫不猶豫地站在殖民地人民一邊，因為他本來就是他們中的一員。但同時他又不願看到帝國的分裂