黃巾之亂時，丘力居鈔略青、徐、幽、冀，四州被其害，公孫瓚無法抵禦。
朝廷派宗正東海郡（今山東郯城縣）人劉虞（字伯安）為幽州州牧。劉虞到任後，派遣使臣到遊牧民族中曉以利害，責令他們獻上張純的首級。丘力居等聽說劉虞到了，紛紛派遣使者前來溝通歸附之事。公孫瓚擔心劉虞立功，暗中派人在途中暗殺這些使者。遊牧民族明白此事後，便繞道到劉虞處。劉虞上報朝廷撤掉駐防軍隊，只留下公孫瓚統萬餘步兵、騎兵屯駐右北平。
公元189年（漢靈帝中平六年）三月，張純被其門客王政殺掉並把首級送給劉虞。劉虞因安撫遊牧民族有功而被授予太尉之職，封為襄賁侯。不久，又遷劉虞為大司馬，公孫瓚為奮武將軍，封為薊侯。
公元191年（漢獻帝初平二年），青州黃巾軍攻打渤海（今河北南皮東北），聚眾三十萬，欲與黑山軍會合，公孫瓚率步騎兩萬人在東光南大破青州黃巾，斬首三萬餘。青州黃巾軍棄輜重，奔走渡河。公孫瓚等他們過到一半時出擊，再次大敗黃巾軍，死者數萬，俘虜七萬餘人，車甲財物無數，於是公孫瓚威名大震。
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第七十六章 公孫瓚二
漢獻帝劉協想東歸洛陽，派劉虞之子劉和逃出長安，偷偷出武關去找劉虞，讓劉虞率兵前來相迎。劉和途經袁術駐地，將此事告知了袁術。袁術扣留了劉和，讓劉和給劉虞寫信，答應等劉虞率兵前來為袁術後援，一起赴長安。公孫瓚知道袁術會叛變而制止劉虞，劉虞不聽。公孫瓚擔心袁術知道後恨他，派他堂弟公孫越率千餘騎兵到袁術處相結好，而暗地又讓袁術扣留劉和並奪佔劉和兵馬。因此，公孫瓚與劉虞的矛盾越來越深。
袁術遣公孫越幫助孫堅攻周昂，公孫越被流矢射中而死，公孫瓚怒道：「我弟之死，禍起於袁紹。」於是出兵駐紮在磐河（今河北境內）準備報復袁紹。袁紹非常驚恐，把渤海郡太守印交給了公孫瓚堂弟公孫範，派他到南皮，想以此與公孫瓚結援。公孫範於是背叛袁紹，以渤海兵力協助公孫瓚，攻破青州、徐州黃巾軍，兵勢日益強盛，進駐界橋（故址在今河北威縣境內）。公孫瓚自己任命嚴綱為冀州州牧，田楷為青州州牧，單經為兗州（今山東金鄉縣西北）州牧，並配置了郡守縣令。
公元192年（漢獻帝初平三年），袁紹屯軍廣川縣（今河北棗強縣東北），與公孫瓚戰於界橋南二十里處。公孫瓚有精兵三萬。袁紹命其將麴義領精兵八百在前，布強弩千張於兩翼。公孫瓚輕視袁紹兵少，縱騎兵出戰。麴義命士兵伏於楯下不動，等公孫瓚軍到十步前，一時同發，公孫瓚大敗。袁紹軍生擒了嚴綱並斬其首。麴義追公孫瓚到界橋，公孫瓚率兵還擊，再次被打敗。於是公孫瓚逃到薊縣（今北京大興區），在縣城東南另築小城自守，與劉虞臨近，漸漸結下仇恨。袁紹派部將崔巨業率兵攻打公孫瓚的故安，不下，在引軍南歸時，在巨馬水被公孫瓚大軍追上，大敗，七八千人陣亡。公孫瓚想乘勝追擊，卻又在龍湊被袁紹打敗，雙方戰成均勢。
公元193年（漢獻帝初平四年），劉虞擔心公孫瓚反叛，於是率兵十萬攻打公孫瓚。當時，公孫瓚的部曲放散在外，倉卒欲從東城逃走，劉虞計程車兵不習戰，又下軍令不準騷擾百姓，久攻不下。公孫瓚於是招募精兵數百人，順著風勢放火，趁勢殺入劉虞兵營，劉虞大敗。劉虞與他的部下往北逃到居庸縣（今北京延慶東）。公孫瓚三天就攻破了居庸城，活捉劉虞及其妻子兒女回到薊縣。此時董卓已死，獻帝派使者段訓給劉虞增加封地，令其督統六州，升遷公孫瓚為前將軍，封易侯。公孫瓚誣陷劉虞與袁紹謀取稱帝，脅迫段訓斬劉虞及其妻子兒女於薊市。公孫瓚將劉虞的首級送到京師，被劉虞的舊部