與馬寶一起投降吳三桂，所部被吳三桂編為一營，有兵四千餘。
看著城外密密麻麻的太平軍和各式隨風飄蕩的旗幟，黃元才心不住的往下沉，他沒想到彼此間可以算作是“友軍”的太平軍會突然不宣而戰，且一次出動這麼多的兵馬。想到自己上個月還致書太平軍方面的廣西巡撫邵九公，請求他能夠售賣一些軍糧於自己，對方還一口答應下來，黃元才就覺得十分可笑。他很清楚，太平軍來攻兵馬不下數萬，這麼大規模的部隊集結絕非幾天就能完成的，糧草的籌措和運輸更是浩大的工程，沒有一兩月時間部署準備，太平軍是不可能發起進攻的。由此可見，自己一直被廣西方面矇在鼓裡，只以為清廷一日未亡，吳軍和太平軍就不會大打出手，哪曾想自己真是一腔情願，對方早就存了攻打貴州之心。
但這件事意料之外，卻又在情理之中，一山難容二虎啊！
黃元才暗歎一聲。
太平軍的火炮仍在持續的炮擊獨山城，巨大的炮彈轟鳴聲響徹獨山城上空，驚得城頭的清兵不住閃躲。麾下將領都在看著黃元才，等待他的命令，是降還是戰。
黃元才內心掙扎之後，決定戰。因為吳三桂並不曾虧待於他，更重要的是他的好友現在都在吳三桂手下，倘若他降了太平軍，日後難免會和昔年好友拼個你死我活，這顯然是向來重義氣的黃元才無法接受的。
太平軍兵馬雖多，可獨山城也是險要，自己還有四千人馬，並非不能堅守下去。如果獨山失守，那麼通往貴陽的官道就會向太平軍敞開，一旦太平軍向貴州進逼，貴陽的皇帝和朝廷就會被驚動，這也是黃元才不敢想象的後果。他為人講義氣，但也忠君，當初若不是皇帝突然棄國，不知死活，馬寶和馬惟興他們又苦苦相勸，黃元才未必就會降了吳三桂。如今皇帝回來了，吳三桂也反清了，他自是不可能再反覆。
“傳令下去，死戰不退，敢有棄城而逃者，殺無赦！”
黃元才拔出了佩刀，下令死戰同時，對面太平軍軍陣中，盧光祖縱馬駛出陣前，也拔出了自己的長刀，向著獨山城發出了進攻命令。
“殺！”
早就摩拳擦掌，一心要在國內友軍面前露臉的遠征軍將士們吶喊著衝向了獨山城。這是遠征軍回國的首戰，全鎮上下無一不是雄心壯志，誓要打出遠征軍的威風來。
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黃元才沒能堅守下去，獨山在次日就告失守。城中的清軍從開戰起，就一直被太平軍的炮火死死壓著。從安南迴調的遠征軍擔負了攻城重任，他們裝備清一色的火銃，皆是從安南人手中繳獲而來。在付出了六百多傷亡後，太平軍炸開了獨山城的城門。隨著大隊太平軍湧入，獨山城上的吳軍旗幟很快被砍倒，取而代之的是太平軍的大旗。
黃元才被俘虜，城中餘下的兩千多清軍在城門失守後，放下兵器向太平軍投降。
“盧都督，怎麼處置這些俘虜！”
盧光祖的副將張月看著那些被一隊隊押出來的吳軍俘虜很是感慨，兩年前，就在此地，他目睹了鎮將高進庫的戰死，他拼死帶回了十一鎮的軍旗。雖然當初致使他十一鎮全軍覆沒的是線國安，但他卻將怒火發洩在了這些吳軍身上，因為在他眼裡，不管這些吳軍有沒有辮子，他們都是清軍，一幫只會撿便宜的牆頭草而已。真正的大明軍隊只有他們太平軍，別的都不是。
“留著他們做什麼，都殺了了事。”
說話的是第四鎮的鎮將王有喜，江西綠營出身，廣西巡撫邵九公的老部下。
“好咧！”
張月本就有意殺俘，聽到王有喜這麼說，立時大聲應