不過鄭勛睿不需要操心那麼多，漕運的事宜，他已經進行了規範，總督府的每一個官吏，職責都是明確的，這徵收漕糧的事宜，以前因為有火耗，有多徵收的糧食，官吏可以從中獲取大量好處，所以人人都盯著，如今這一切全部都不存在了，每個環節都有明確的規矩，而且漕運總督府有專門的名冊，這都是各級官府稟報上來的，遭遇災荒或者是家境特別貧寒的農戶，經過官吏核查屬實，不僅不繳納漕糧，官府還有予以一定的補貼，讓其能夠生活。
催督參政馬士英和理漕參政史可法這個時候是最為忙碌的，馬士英直接負責徵收漕糧的事宜，史可法必須協助馬士英負責徵收漕糧的事宜，這徵收漕糧的事宜，重點是各級官府負責的，但總督府必須要監督，主要的責任也是在總督府，也就是說，若是漕糧不能夠徵收齊，直接負責的就是馬士英和史可法等人。
所以秋收季節在即，鄭勛睿倒是顯得很輕鬆，馬士英和史可法則是異常的忙碌，奔波於淮北以及大運河沿途各地，督促官府完成漕糧的徵收任務。
鄭勛睿出任漕運總督一年多的時間，已經將淮北諸地治理的很好，畢竟他兼任四府三州的巡撫，但也有他力不能及的地方，那就是大運河其他需要徵收漕糧的地方，包括南京和杭州等地，這些地方徵收漕糧的陋習還是普遍存在，唯一出現變化的是碼頭，因為碼頭是洪門牢牢控制的。各地的漕幫已經被總督府全部剿滅。
這裡面矛盾自然就出現了，各地官府和官吏，想著能夠從漕運之中獲取大量的好處，可碼頭上的事宜。悉數都被洪門控制，其實也就是總督府控制，雖說鄭勛睿是太子少保戶部尚書右都御史，但山高皇帝遠，距離淮安太遠的地方。鄭勛睿無法插手。
故而一些衝突也會出現，並且在碼頭上面出現，多是當地的混混無賴與洪門之間的衝突，其實混混無賴背後就是當地官府暗地裡的支援，鄭勛睿對這些事情心知肚明，他要求洪門毫不留情的打壓當地的混混無賴，只要敢在碼頭上鬧事，那就毫不客氣的收拾，至於說當地官府出面解決爭端，就由鄭勛睿直接出面應對。
鄭勛睿右都御史的官職。令很多的地方官吏畏懼，擁有這個職銜，鄭勛睿可以直接彈劾甚至是處理五品以下的官員，儘管以前這個權力限定在淮北，但鄭勛睿利用在京城的關係，取得了張鳳翼和楊一鵬等人的支援，將彈劾的權力擴大至京杭大運河所經過的全部碼頭，內閣在邸報之中也專門提到了這件事情。
鄭勛睿出任漕運總督以來，有力保證了漕運的順暢，北方對漕運的倚重是巨大的。不客氣的說，若是漕運崩潰，北直隸的府州縣官衙都是難以維繫的，北方很快就會出現大亂子。因為漕運的順暢，北方糧食的供給充足，京城也感受到這一點，故而對於鄭勛睿權力的擴大，朝廷之中某些人儘管不滿意，也只能夠睜一眼閉一眼。要是因為限制鄭勛睿的權力，導致漕運受阻，那麼提出來彈劾或者奏摺的官員，就是要直接承擔責任的。
回到淮安之後，鄭勛睿僅僅將少部分的精力放在了漕糧的徵收上面，絕大部分的時間，都是在考慮如何調整人員的事宜。
經歷了這麼長的時間，鄭勛睿籌謀的佈局，要開始慢慢的實施了。
首先當然是調整淮北各地的官員，這裡面牽涉到鳳陽巡撫等關鍵的職位。
現任的鳳陽巡撫吳振纓，和鄭勛睿的關係還是不錯的，畢竟當年是鄭家軍護衛了鳳陽府，若是那個時候鳳陽府被流寇拿下，吳振纓也不要想著活命了，故而吳振纓一直都是感激鄭勛睿的，但讓鄭勛睿無奈的是，吳振纓的能力的確一般，不能夠獨當一面，在鄭勛睿看來，關係是關係，既然身為一個地方的長官，還是要有治理地方的能力。
大膽的啟用人才，而且是忠心的人才，這是鄭勛睿最為看重的事