四顧無人之下，鹹豐帝只得放棄前嫌，下詔實授曾國藩為兩江總督。（鹹豐十年四月十九日任命曾國藩為&ldo;署兩江總督加兵部尚書銜&rdo;。六月二十四日方實授他為&ldo;兩江總督&rdo;，又加&ldo;欽差大臣督辦江南軍務。&rdo;）所以，如果和春不死，何桂清不換，江南大營不潰，曾國藩只能撅著屁股在安徽搞&ldo;開拓&rdo;，湘軍與太平軍直面交鋒根本沒有機會，這樣一來，也就沒有日後湘軍的一支獨大。
軍政大權在手後，曾國藩雷厲風行，把辦事不力的非湘軍系的皖南督辦、浙江巡撫、江蘇巡撫、閩浙總督、江南團練大臣以及江北團練大臣皆加以參罷，最終使得&ldo;湘系&rdo;成為當時清朝最炙手可熱的政治、軍事力量。特別一提的是，北京城中的肅順，雖然此人身為滿洲貴族，日後慈禧把他殺掉後對此人又極力加以抹黑，但他絕對是個治國得人的幹才，曾國藩、胡林翼、左宗棠等日後叱吒風雲的漢人高官,均由他竭力上薦才能最終得以運用，而西太后這個陰險婦人也不因人廢言,後來她殺掉了肅順,對曾、左等漢人仍舊加以重用，才使滿清國脈又存續了數十年之久。
再轉回頭說太平軍動向。
江南大營的二次得破，太平軍上下情緒高昂。1860年5月15日，李秀成自統數萬大軍東徵蘇常地區。僅僅用了一個多月時間，除上海彈丸之地外，蘇南所有地區盡為太平軍攻克。
蘇常不僅僅是賦稅大區，又為數省咽喉要地，至此，這一廣大地區每年近二百萬石的漕米供應，再也抵達不了清朝統治的北方地區。而太平軍方面，由於手中錢多糧多，可以大量從洋人手中購買新式武器，又可養大量新兵，所以，李秀成得以擴軍充眾，不斷壯大力量。
1861年底，李秀成率領二十多萬太平軍，第二次攻克杭州，清朝浙江巡撫王有齡、署布政使麟趾、按察使寧曾綸、提督饒廷選、總兵文瑞等數十大員，不是自殺就是被殺，布政使林福祥等人被活捉。
堅守內城（滿城）的杭州將軍瑞昌這次再無上次好運，太平軍利用人海戰術，踩著疊屍攻城，終於攻陷杭州內城，瑞昌等將領自殺，幾萬滿人兵眷皆被屠戮一空。
不過，李秀成敬重巡撫王有齡的為人，厚殮其屍，給船15隻，白銀3000兩，釋放其親兵500人，讓他們船載王巡撫棺木回鄉安葬。
浙江廣大地區的喪失，對清廷又是一個重大的政治、經濟打擊，這意味著每年一百多萬石漕糧的斷絕和軍儲之資的進一步匱乏。先前兩個江南大營存在時，浙江每年可供七十多萬兩餉銀，所以，杭州等地一失，曾國藩大嘆其窮，悲叫&ldo;東南餉源日涸&rdo;。由於浙江與江西、安徽為鄰，杭州等地的喪失嚴重威脅到清朝在江西、皖南的統治。寧波被太平軍攻陷後，清廷更是緊張得要命，因為如此一來，太平軍即可入海，北攻北京，南攻廣州。
顯然，李秀成、陳玉成大展拳腳之時，正是曾國藩等人窩心憂嘆之日。
附：夏福禮的報告
原文載於《英國議會文書》，1862，c2992，13-16頁
（說明：夏福禮當時是英國駐寧波領事，他在報告中詳細記載了太平軍在寧波&ldo;解散軍紀&rdo;三天的野蠻行為，毫不掩飾地表達了他對太平軍的厭惡。馬克思博士也正是看了這份報告，加上自己的深入研究，對太平天國的態度發生了急劇的轉變，導致他寫下了對太平天國的口誅筆伐的《中國紀事》一文。）
為了避免人們認為我對寧波港的叛軍所作的判斷過於輕率，直到目前為止，我一直有意識地保持沉默，沒有就他們佔領寧波一事及其建立組織的行為發表任何明確的看法；我在這方面一直格外謹慎，