明明是萬曆順水推舟，引用了申時行模稜兩可的意見，可劉御史卻直指內閣首輔，顯然是要挑起科道官與行政官之間的大戰了。
本來打算袖手旁觀的一些行政官和監察官登時精神一振，葉小天算個屁，事情關乎到他所在陣營的興衰了，這就直接關係到他本人的利益了，豈能不予關心。
劉御史一邊走一邊高聲彈劾其罪：“各部各院都設《考成簿》，記錄官吏功過，送內閣考察升降，則命官之權，繫於其手矣；吏部、兵部掛選官員，都得經內閣認同，則吏、兵兩部形同虛設，文武權柄集於一處矣；督撫巡接辦事，無不密謁內閣大臣請教；內閣首輔奉詔擬旨，獨自行事。則置我聖天子如虛設矣！”
劉御史步伐不快，但聲音鏗鏘有力，等他趕到御案前面時，穩穩站住，高聲道：“我太祖皇帝曾立下規矩：‘後世子孫不得預立丞相，臣工敢言立相者，斬！’今內閣首輔雖為閣老，無異於宰相！臣請誅申閣老，以正朝廷！臣請削內閣之權，以正天下！”
劉恆邑臨退休，事業煥發了第二春，士林聲名就是權勢地位，他現在有底氣這麼說話。
申時行也很乾脆，劉恆邑點出他的名字時，他就把官帽摘下來了，劉恆邑說到第二條罪名時，申時行已經跪在地上。
這也是規矩，只要有臺諫官彈劾，不管你自認為有罪無罪，又或者皇帝會不會懲罰你，你都得先免冠下跪，以領教訓，要等皇帝問你時才能申訴。
腹黑宅男天子看了申時行一眼，幽幽地問道：“申閣老，你怎麼說？”
申時行馬上一頓首，慷慨陳辭起來。
他和言官的矛盾由來已久。其實雙方也曾有過一段蜜月期。申時行本是張居正的心腹，但張四維上臺後，清算張居正，申時行也不得不違心附和，在張四維丁憂，由他繼任首輔後，也只能沿用張四維的路子，廣開言路，此舉當時頗得御史和文官們讚譽。
但言官們指斥張居正遏阻言路罪狀時，不可避免地要提及張居正的得力助手申時行，申時行忍無可忍，從此便與言官們公開交鋒了。今日申時行沒想到臺諫官會利用這個機會向他發起挑戰，陷入了被動，不免心中凜凜，馬上打起精神全力應對。
申時行高呼道：“劉御史所責，皆為內閣應有之權，所議所決，無不呈交御覽，從無擅自行事。內閣中若有大臣御私舞弊，皇上聖明，可罷黜之。但若因一二閣臣循私舞弊，削弱內閣之權，未免因噎廢食！失去臣勞君逸的目的，如果科道以為老臣跋扈，臣自請處分，告老還鄉就是，但內閣諸務乃祖宗成法，不可變！”
申時行固然圓滑，可能做到內閣首輔，又豈是常人。這番話說的漂亮，他自辯的這番話，完全把內閣的利益放在最前面，至於他個人，只是略略一提，最後更提出他可以去職，內閣不能削權的話來。
這一來，他就把自己扮成了整個行政官團體的利益代表，獲得了全體行政官的認可與支援。果不期然，申時行話音剛落，內閣次輔許國、三輔王錫爵，六部九卿，各衙司大臣，紛紛下跪，聲援起來。
武官行列，勳戚功臣行列之外就是文官行列，眾行政官這一跪，滿堂朱紫中，文官序列裡只剩下都察院左都御史葉千尺和右都御史嚴亦非在那兒“金雞獨立”了。
二人對視一眼，不約而同地出班，跪倒，除冠，高呼道：“申閣老自辯犀利，然聽其言如何，觀其行如何？今葉小天一案，還不是申閣老一言而決？閣臣跋扈，科道唯有噤若寒蟬矣。臺諫官不可言，留來何用？臣請除官，告老還鄉！”
二人言猶未了，可以不請自來的眾言官忽然自金鑾殿外一擁而入，副都御史、僉都御史居首，六科給事中緊隨其後，十三道監察御史一百多人魚貫而入，齊齊跪倒，官帽鋪了一地：“臣請除官，致仕