北京還未淪陷。大清正在東北邊陲蓄勢待發，準備給大明帝國以致命一擊，其內部卻發生了一樁言論和文字的罪案。這起文字獄多半為後世研究者忽略，是否是大清第一樁文字獄，凌滄洲目前尚不能下結論，但至少比廣東僧人函可的案件早了好幾年，而且以大清一位漢族文人人頭落地而結案。
故事的起源是這樣的，在大清與明帝國爭奪東北期間，上升期的大清攻城掠地，一批漢族士人投降了大清，而大清又有效地籠絡了他們。這其中，有范文程、沈文奎等人。孫應時也可能是這樣的漢族士人，與沈文奎同時入值文館。祝世昌，算是投降大清的明帝國軍官，參與過大清攻打大淩河的戰役。
祝世昌在1633年曾經奏請皇太極攻伐大明帝國，併為其出謀劃策：
攻城當專用紅衣炮，國中新舊三十餘具，瀋陽留四具，城守已足，其餘都可隨軍。師行克城邑，當得練達謹慎之吏，不求小利，不貪財賄，乃能收集民心、保疆土，宜預選令從軍備任使。用兵當兼奇正，輕兵先發，奪人畜，掠物資，然後整軍挾紅衣炮自大道徐進。
此處國中，指大清國。
這個時候的祝世昌，可以看做是大清忠心耿耿的好奴才。
然而在九年之後，不知是祝世昌良心未泯還是怎的，1642年，他上了一道奏摺給皇太極，請求禁止俘獲良家婦女賣入風月娛樂場所當三陪妓女。皇太極大怒，發下指示——
“世昌難道不知道我禁樂戶？還要寫這公開信？不過偏袒漢人，藉機沽名釣譽而已。我想世昌身在我國，內心仍把明國作為故鄉。”
一場獄案隨即興起。會審結果，判定祝世昌死罪。“其弟世蔭同居，知其事，啟心郎孫應時為其改疏稿，都得處死。禮部官員姜新、馬光先見疏稿稱善，當奪職坐罰”。皇太極命令殺掉孫應時，而假意寬大，把祝世昌、祝世蔭流放。
孫應時何其不應時也！在大清國草創的宣傳作坊，在大清國初期的文化宣傳方面，孫也曾經和沈文奎等人共同為其出過謀，劃過策。像范文程、沈文奎等都向主子提到過“多疑好殺，百姓離心。攻伐搶掠，百姓以為我們只是看重金帛子女。”這些高階奴才都向主子建議要有長遠戰略眼光，要立“大志”，變短期搶掠為“長期搜刮”。應該說，這些建議，在大清征服中土時起了很大作用。
但是祝世昌、孫應時這幾個人可能又或多或少沒有徹底喪失人性，對於俘獲漢家婦女賣到妓院這種事情，有一種人道心和同情心在起作用，因此促成了上書。
而野蠻的專制政體是不容許任何異議的聲音的。之所以殺孫應時而保住了祝世昌的命，也說明了：一、專制政體是功利的，武將的用處比文人要大，刀劍的力量勝於口舌的力量，對武人寬大而嚴加懲處文人，算計上合理。君不見曹操殺楊修嗎？二、知識分子的獨立思維一定要泯滅，因為這對專制政體的危害遠大於一場武裝叛亂，所謂“破山中賊易，去心中賊難”。任何獨立的思想、人道的呼籲，都是對野蠻王權的公然挑戰。
孫應時必須死，祝世昌必須受到懲罰。內部人都不能容忍異心，更何況是圈外人。
1642年的血案昭示著大清掌控整個中國，征服整個中國後的殺機，大清自己稱為江山一統，而在凌滄洲看來，鐵幕就要從東北向關內合圍，血腥和黑夜將降臨到本已苦難，本已昏暗的中國大地……
17世紀50年代左右，歷史並不像歷史紀年表述一個朝代的開篇那樣塵埃落定，各地的抵抗還在進行，大清想統一天下的努力還必須進行一段時日。
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在武力征服、鎮壓、屠殺的同時，對思想制高點的爭奪，對意識形態的控制權的爭奪，對歷史的話語權、詮釋權的爭奪，一刻也沒有停息。