體上的折磨，精神上的痛苦還要劇烈。人們都把他當太監，都恥於跟他為伍。司馬遷何嘗不想一死了之，他自己曾說：即使是奴隸、婢妾在受到侮辱的時候，都知道以死來擺脫，何況他是堂堂太史令。然而他退一步深思道：〃死可以重於泰山，也可以輕於鴻毛。如果我就這樣死了，人們會以為我畏罪而死，一生的冤屈都洗不盡，生命也變得一文不值。不如忍辱偷生，一定要寫出一部偉大的史書。像周文王被商紂王拘禁，而推演出《周易》；孔子困於陳、蔡兩國而作《春秋》；屈原被逐，著成《離騷》；左丘明雙目失明，才編撰了《國語》；孫子受了臏刑，仍論述兵法；呂不韋被流放蜀郡，世上才有《呂覽》流傳；韓非被囚禁秦國，才寫有《說難》、《孤憤》。凡《詩》三百首，都是聖賢抒發胸中鬱悶而作。〃於是，他就從黃帝開篇，一直寫到了漢武帝的時候。每篇末尾都加以評論。
第四節絕筆《任安書》
他就這樣忍辱負重，在獄中呆了三年，每天都筆耕不輟，堅持撰寫史書。公元前96年，也就是司馬遷50歲的時候。漢武帝忽然開恩，放他出獄，並升他為中書令。負責〃領贊尚書，出入奏事〃，也就是把各部尚書的奏章呈給皇上，再傳聖諭給大臣們。這本來就是太監做的事情，現在讓司馬遷來做，可見大家已經預設他為太監了。
這樣的官職加在司馬遷頭上，本身就是一種恥辱。他根本無心於自己的職務。出獄以後的他鬚髮脫落、形容枯槁、弱不禁風。看起來一副死不死，活不活的樣子。他還經常恍恍惚惚，出門不知道要往哪裡去。一想到自己受過的恥辱，就直冒冷汗，衣裳都浸溼了許多次。這樣的狀態還怎麼工作？他的好朋友任安便寫信說他翫忽職守，勸他要謹慎地待人接物，要以推舉賢能引薦人才為己任。不要老是沉默不語，唯唯諾諾。就差說他不像個男人，惟恐又觸到他的痛處。
朋友的不理解，也給了他一次傾吐苦水的機會。於是他洋洋灑灑寫了一封長信，題為《報任安書》。這是比《太史公自序》更加富於情感的自序，也等於是把他畢生忍受著的痛苦和無限的憤恨抒發了出來。在這封信裡面他詳細地申訴了自己對李陵事件的看法，以及接受宮刑前後的心態。他為什麼接受這個刑罰，接受這個刑罰之後，他又是一個什麼心態。最後，他還鄭重地宣佈《史記》一百三十篇已經完成了，但是他會把那些書簡藏之名山。至於藏在哪兒，他也沒有告訴任安。
《史記》誕生之時，也就是司馬遷的生命將盡之時。他這一生就是為了這個來的，完成了還有什麼寄託呢？於是《史記》完稿之後，司馬遷也消失了。關於他的死，歷史上有種種的說法。有一種可能是自殺。之前不是有人說他貪生怕死嗎？現在先父的遺願完成了，也是司馬遷雪恥的時候了。讓世人們看看，我司馬遷不是怕死，而是要死得有價值。另外一種可能是司馬遷的這封信落到了漢武帝手裡，當時任安已經被腰斬。漢武帝看到信中隨處流露出的對自己的不滿，一氣之下，將司馬遷也給腰斬了。
不管他是怎麼死的吧，自殺也好，被殺也好，壽終正寢也好。他的《史記》倒是要比他的下落還要明確。在他死後，他的家人便把《史記》轉移藏匿在他女兒家中。女兒的丈夫叫楊敞，在漢昭帝時期，還曾經官至宰相。他們有兩個兒子，大兒子名叫楊忠，小兒子名叫楊惲。這楊惲自幼聰穎好學，很像他外公司馬遷。他母親便把珍藏著的《史記》拿出來一本一本讀給他聽。誰知小楊惲很快就被書中的內容給吸引住了，便一字字，一篇篇，非常用心地把《史記》給讀完了。他成年以後，還念著這本書，有空就看看。每讀一遍都是熱淚盈眶，扼腕嘆息。他知道這是外公用生命換來的史書，於是立下一個心願，一定要讓它得到天下人的承認。在漢宣帝時，他被封為平通侯後，便上書漢宣帝，把《史記》